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目的:幼年特发性关节炎(Juvenile idiopathic arthritis,JIA)是儿童时期最常见的慢性风湿性疾病。全身型JIA(Systemic-onset JIA,SoJIA)是其最严重的亚型之一。尽管SoJIA的发病机制尚不清楚,但最近一些研究表明肠道菌群失调与JIA之间存在相关性,了解SoJIA肠道微生物组特点有助于了解SoJIA的发病机制,为治疗甚至预防疾病的提供新的思路。本研究旨在探讨全身型幼年特发性关节炎(SoJIA)的肠道微生物特征,并评估其肠道微生物与临床指标之间的相关性。方法:本研究为一项单中心病例对照研究。连续入组2017年7月至2018年12月就诊于北京协和医院的SoJIA儿童,同期招募健康儿童作为对照组。SoJIA儿童在来医院就诊时采集新鲜粪便样本并收集临床资料,根据Wallace标准将SoJIA患儿分为活动组或非活动组。提取粪便基因组DNA,扩增其16S rDNA的V4区,并应用Illumina HiSeq平台测序,分析肠道菌群结构。结果:本研究共纳入SoJIA儿童32例,年龄6-16岁,其中活动SoJIA 17例(男性9例,女性8例),非活动SoJIA 15例(男性7例,女性8例)。对照组共纳入健康儿童32例(男性18例,女性14例)。3组儿童的平均年龄分别为活动SoJIA组10.9±3.3岁,非活动SoJIA组11.7±2.8岁,健康对照组10.3±2.9岁。3组儿童年龄及性别组成无显著性差异。测序后64例样本共获得5270328条有效序列,平均有效序列数为82349条/样本。以97%的一致性将序列聚类后共得到2216个操作分类单元(OTU)。菌群Alpha多样性分析显示3组儿童间Observedspecies及chaol指数存在明显差异,均为活动SoJIA组最高,非活动SoJIA组次之,健康对照组最低(Observed species:活动 SoJIA vs.健康对照P<0.0001,非活动 SoJIA vs.健康对照P=0.005;Chaol指数:活动SoJIA vs.健康对照P<0.0001,非活动SoJIA vs.健康对照P=0.006)。Shannon及simpson指数3组间未发现显著性差异。Beta多样性分析显示两组SoJIA样本(活动和非活动)之间菌群结构较为相似,均可与健康对照区分开来。但非活动SoJIA组样本与活动SoJIA及健康对照组有不同程度的交叉重叠,提示非活动SoJIA儿童的肠道菌群结构介于其他两者之间。菌群分类学分析发现SoJIA儿童厚壁菌门/拟杆菌门比值下降、拟杆菌门(Bacteroidetes)和拟杆菌属(Bacteroides)丰度升高,而丹毒丝菌目(Erysipelotrichales)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)和粪杆菌属(Faecalibacterium)丰度降低,且非活动SoJIA组的上述指标均介于活动组SoJIA及健康对照组之间,处于中间水平。Spearman相关分析显示变形菌门(Proteobacteria)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)和疾病活动度(JADAS-27)、ESR、CRP 呈负相关。结论:SoJIA儿童肠道微生物群的组成与健康儿童相比存在明显差异,表现为肠道微生物丰富度升高,表现为厚壁菌门/拟杆菌门比值下降、拟杆菌门和拟杆菌属丰度升高,丹毒丝菌目、瘤胃菌科和粪杆菌属丰度降低。改变的肠道微生物在非活动SoJIA患者中可部分恢复。