“太湖美呀太湖美，美就美在太湖水”，这曾经是多么令人陶醉的一句歌词。而现在，一提起太湖，“水质恶化”、“蓝藻事件”等反映水污染的词汇立马浮现在人们的脑海之中。其实，为了解决太湖流域水体污染问题，政府、非政府组织、公民大众等主体均应发挥一定的治理作用。但由于公民大众存在着组织行动能力低下、环保意识缺乏、环境价值理念歪曲等问题，导致了其环境治理能力的分散性。非政府组织以追求社会公益事业发展为目标，具有高度信任性、组织性和跨区域协调性，恰好能够代表公民大众与政府进行合作治理。因此，本文的核心问题就是对现有太湖流域水体污染治理中的两大主体——政府与非政府组织的合作进行研究。在对现有政府与非政府组织合作的关系状态、合作的内容与形式以及合作的成效与问题进行分析之后，我们发现，政府与非政府组织之间依然沿用传统“政府强势，非政府组织弱势”的治理模式进行合作，合作形式较为单一，且非政府组织很难真正发挥出应有的治理作用。政府与非政府组织的合作效果不明显。太湖流域水体污染不但没有减轻，还有不断加剧的趋势。为此，我们将区域水体污染治理的目光从太湖流域转向了与其相似的北美五大湖和黄浦江流域，以期获得一定的经验启示。结果表明，在区域水体污染治理中，政府应该主动放下身段，改变以往“全能式”的治理模式，并在水污染治理中扮演“同辈中的长者”角色。同时，政府要大力支持非政府组织的发展，非政府组织也加强自身建设，与政府一道促进水环境协调机制的建立。结合外部的经验启示，我们尝试跳出传统“政府强势，非政府组织弱势”的治理框架，从网络治理的视角对太湖流域政府与非政府组织合作机制进行分析。结果表明，现有政府与非政府组织合作绩效低下的根本原因在于双方的合作结构和运作上，其中结构方面的问题主要是双方合作的地位不平等、合作的目标与内容模糊，运作方面的问题主要是双方缺乏沟通渠道，也没有相应的保障措施。为了改变现有政府与非政府组织合作存在的困境与挑战，且在现有太湖流域网络治理条件成熟的情况下，我们对政府与非政府组织的合作结构和运作进行了网络化的重构与再造，其中网络结构重构方面有合作关系的重新定位、信任的培育、目标与内容的确定、合作类型的多元化选择，网络运作再造方面有网络协调平台的建立、网络保障机制的完善。