面对频发的企业舞弊行为,各国对企业内部控制管理的需求日益迫切；药品经营企业由于产品的特殊性,面临的各方监管更加严格；GY医药销售公司作为上市公司子公司由于内控管理缺陷导致最近三年利润锐减。正是基于上述三项背景之下,开展此项课题研究。以期通过系统的内部控制方案设计为GY医药销售公司实现企业战略目标,提高经营管理效率,打造核心竞争力提供帮助。本文结合内部控制理论和内部控制整体框架对GY医药销售公司内部控制管理现状进行剖析,提出问题,并运用比较分析法、文献分析法、统计分析法、案例分析法和调查研究法等方法对企业内部控制管理方案进行系统设计。从内控环境(组织架构、人力资源、社会责任、企业文化)、控制活动(资金活动、采购业务、资产管理、销售业务、担保业务、财务报告、全面预算、合同管理)、信息与沟通(内部信息传递、信息系统建设)、实施与评价等四方面着手,进行公司流程再造、通过对风险的识别、分析,提出风险应对措施,并通过监督检查措施、制度保障措施、业绩评价与激励措施等三项措施保障内部控制的顺利实施。同时得出GY医药销售公司内部控制管理是一项系统性工程,具有长期性、复杂性、变动性,应随公司战略、业务等方面的调整而不断调整和完善的结论。本论文实现了内部控制理论与医药流通企业的有机结合。以风险为导向的内部控制方案设计,推进GY医药销售公司内部控制管理工作的转型,在公司内部控制建设方面提出新的方法及途径,具有一定的现实指导意义。