系统研究炎癌转化中的分子机制是当前生物医学研究的热点之一，越来越多的研究表明，蛋白编码基因以及各类非编码RNA与人类的炎癌转化密切相关。利用生物信息学方法分析蛋白编码基因和非编码RNA在炎癌转化中的作用可以为阐明人类癌症的致病机制提供新的参考，为癌症的预防、诊断和个体化治疗提供理论支持。在本研究中，我们分析了蛋白编码基因和两种重要的非编码RNA----微小RNA(microRNA，miRNA)、长链基因间区非编码RNA(large intergenicnon-coding RNAs，lincRNAs)在炎癌转化中的作用机制。　　本研究利用结肠炎和结肠癌的基因表达谱识别了结肠炎和结肠癌的差异表达基因，发现这些基因在功能上具有广泛的关联，我们构建了结肠炎和结肠癌差异表达基因的共表达网络，并识别了该网络中的功能模块，证明这些模块的功能与炎癌转化密切相关。其次，我们获取了当前实验证实的肝炎和肝癌相关的miRNA，并识别了这些miRNA的实验证实的靶基因，构建了肝炎和肝癌的miRNA-target网络，发现该网络具有特异的拓扑属性，具有较高度节点的miRNA已经证实与炎癌转化密切相关。最后，我们讨论了当前已知的肝炎和肝癌相关lncRNA在炎癌转化中的作用机制，发现肝炎和肝癌相关lncRNA具有相似的生物学功能，并影响了Apoptosis和B-cell receptor(BCR) signaling pathway等重要通路，提示肝炎和肝癌lncRNA可能通过作用于这些通路影响其炎癌转化的进程。我们的研究结果可以为炎癌转化相关的蛋白编码基因和非编码RNA的功能和致病机理研究、癌症的诊断、治疗和药物开发等提供理论依据和应用参考。