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EV71-3C蛋白酶在病毒蛋白加工过程中，水解除了VP1、2A、VP2和VP4之外的所有多聚蛋白;还切割许多调控因子，如转录激活因子p53和TATA-box结合蛋白(TBP)等;所以，EV71-3C蛋白酶有望作为蛋白靶点进行药物开发。 本文以EV71-3C蛋白酶为靶点，运用高通量筛选方法从天然产物中筛选其抑制剂。首先，对现有天然产物库和中药材及其饮片的初步提取分离组分进行筛选，选出抑制效果较好的药材。经过初步筛选，得到5种活性较好的药材:穿心莲、鱼腥草、苏叶、黄柏、荆芥。经95％乙醇提取后，利用硅胶柱色谱、凝胶柱色谱、大孔树脂色谱、聚酰胺色谱、Combiflash快速分离色谱及高效液相色谱法、重结晶等技术对实验室储备的中草药浸膏和中药饮片进行提取、分离、纯化，获得标准组分（成分约为10-20种）或单体增补到天然产物库中。然后基于3C蛋白酶的体外高通量酶活筛选体系进行活性检测。并且借助1H-NMR、13C-NMR、MS、DEPT和2D-NMR等波谱法鉴定分离得到的化合物结构。 从这5种药材中，共分离得到35个单体化合物，鉴定了其中20个化合物的结构，分别为:从穿心莲中分离出穿心莲内酯、油酸、14-去氧-11，12-二去氢穿心莲内酯、β-谷甾醇&5-羟基-7，8，2，6-四甲氧基黄酮、5-羟基-7，8-二甲氧基黄酮、5-羟基-7，8-二甲氧基二氢黄酮、棕榈酸等;从鱼腥草中分离出槲皮苷、β-谷甾醇、金丝桃苷、月桂酸等;从苏叶中分离出异虎耳草素、熊果酸（又名乌索酸）、紫苏酮、β-谷甾醇等;从黄柏中分离出黄柏酮和黄柏内酯;从荆芥中分离出β-谷甾醇&豆甾醇等。