本论文运用电喷雾质谱对分子识别现象进行了研究,主要集中讨论金属参与的分子识别体系在气相中的结构和稳定性,并且对比凝固相的情况,对两者之间的区别和相互间的关系进行了探讨.根据分子识别的特点,自行研制了一种高灵敏的电喷雾离子化技术一纳喷雾离子化方法.进一步运用电喷雾离子化质谱研究细胞色素Tb5中的分子识别现象,证实了该蛋白在疏水口袋中或者边缘的氨基酸残基对含铁辅基血红素与多肽链稳定结合的重要性.环糊精与手性化合物间通过形成包合物产生手性识别效应;手性分子之间也可以很容易通过锌离子的配位作用形成具手性识别能力的簇合离子;本文对这两种手性识别分子体系进行了重点研究.另外,论文的第五章从气相分子离子反应的角度探讨了区分三种二甲苯异构体的方法.细胞色素Tb5多肽链与含铁辅基血红素之间的相互作用是一类重要的生物大分子分子识别.通过定点突变技术,并且比较全蛋白与脱辅基蛋白相对丰度在突变前后的变化,可以得出某特定氨基酸残基对细胞色素Tb5分子识别的作用.气相中,疏水口袋中的Phe35突变为Tyr,改变了与之邻近的芳香体系,减弱了His39与血红素铁的配位强度.疏水口袋边缘的Val61突变为Glu、Tyr、His和Lys,改变了该局部区域的氢键作用,减弱了血红素与多肽链的结合;虽然Val61His的His61与血红素的丙酸根可以产生静电作用,但不足以弥补氢键作用的变化导致稳定性削弱的结果,所以这一系列的突变体都不稳定.E44-48-56-D60A突变体在气相中的稳定性有大幅增强表明静电作用力由于没有溶剂的偶极作用在气相中有所增强.本论文研究了手性配体联萘醇或联萘胺与萘普生分子形成的具手性识别作用的簇合离子.萘普生自身形成的簇合离子也具有手性识别作用证明了萘普生作为手性主体分子的可能,因此最后探讨了萘普生分子对手性化合物双环[3.3.0]-2,6-辛二醇的分子识别.其中,重点运用了动力学方法研究四倍体簇合离子的手性识别,并从吉布斯能的角度,确立手性拆分值作为衡量三倍体簇合离子对手性识别贡献的指标,并依据"三点作用机制"探讨手性识别的成因.二甲苯在EI质谱中可以产生稳定的基峰离子——苄基离子.第五章中研究苄基离子作为反应离子分别与3种二甲苯异构体在气相中发生离子—分子反应时产物离子的区别.根据邻、间、对三种二甲苯异构体在气相产物离子的相对丰度来区分异构体.并结合邻、间、对三种二甲苯异构体质子亲和能数据解释了相应的结果.