抗生素的大规模使用导致细菌耐药问题日益严重,威胁养殖行业与公共卫生安全。近年政府大力提倡“减抗、替抗”政策,逐步减少各领域对抗生素的依赖。为分析浙江近海水域中耐药基因的分布与携带耐药基因的可培养细菌种类,探究耐药菌的耐药基因,本研究从浙江近海水域采集海水样品124份,通过抗性平板筛选出3740株耐药分离株;利用PCR方法对目标耐药基因进行鉴定,分离了51株携带磺胺类、四环素类、喹诺酮类或多粘菌素类耐药基因的耐药分离株;16S r DNA测序表明43株耐药分离株属于气单胞菌属,占比84.32%。对49株耐药分离株（2株少见细菌Thalassobius sp.和Amphritea sp.未做分析）进行药物敏感性实验,结果表明,各分离株均对四环素出现耐药,41株对多粘菌素E出现耐药（占比83.67%）,34株分别对甲氧苄啶与环丙沙星出现耐药（占比均为69.39%）。39株耐药分离株存在多重耐药,其中23株对4种抗生素均产生耐药,占比达46.94%。2株携带MCR-3且对4种抗生素均耐药的分离株,经鉴定分别为维氏气单胞菌（Aeromonas veronii,菌株命名为0728Q8Av）和豚鼠气单胞菌（Aeromonas caviae,菌株命名为1029Y16Ac）,通过对其进行全基因组测序结合多种生物信息学方法分析细菌耐药基因。对菌株0728Q8Av进行全基因组测序,结果表明,该菌株基因组为环状染色体,大小为4752946 bp,未检测到质粒。基因组携带9类共计19个耐药基因,包括Tet E、Rsm A、Sul1、Dfr A14、Qnr VC4、aac（6’）-Ib-cr、MCR-3.16、OXA-10、OXA-12、Cph A3、APH（3’）-Ib、APH（6）-Id、Aad A1、Flo R、Cml A5、MFS transporter、acr B,以及1个介导粉霉素耐药的热不稳定延伸因子（elongation factor thermo unstable,EF-TU）突变体。Island Path-DIMOB分析发现菌株0728Q8Av含有15个基因岛（genomic island,GI）,其中AVGI1含有第一类整合子和插入序列等结构,是一个携带12种耐药基因的多重耐药基因岛。MCR-3.16位于AVGI1之外,单独位于插入序列IS1595-like与IS21-like之间,具有一定水平转移潜力。对菌株1029Y16Ac进行全基因组测序,结果表明,菌株1029Y16Ac的全基因组同样为环状染色体,大小为4779291 bp,同时还含有2个环状质粒,大小分别为21050 bp与8340 bp。基因组携带7类共计11个耐药基因,均位于染色体上,包括Sul1、Dfr B4、Tet E、aac（6’）-Ib-cr、Aad A1、MCR-3.3、Cat B3、VEB-3、MOX-6、OXA-10。Island Path-DIMOB预测发现菌株1029Y16Ac含有23个基因岛,其中ACGI11含有第一类整合子、转座子及插入序列等结构,是一个携带7种耐药基因的多重耐药基因岛。MCR-3.3位于ACGI11之外,其侧翼具有丰富的插入序列,而且MCR-3.3与2个反向的IS5构成一个复合转座子,具有一定的水平转移潜力。综上,本研究分析了浙江近海水域的耐药基因和可培养耐药菌的流行情况,发现携带目标耐药基因的可培养耐药菌检出率较低,但是揭示出较为多样的耐药基因种类,而可培养耐药菌以气单胞菌属细菌为主,存在明显的多重耐药现象。对两株典型耐药菌株0728Q8Av和1039Y16Ac的全基因组分析发现,2株细菌的耐药基因均位于染色体上,存在多重耐药基因岛,第一类整合子是耐药基因传播的重要潜在原因。耐药基因MCR-3位于基因岛和第一类整合子外,水平传播可能性较低。因此,尽管浙江近海水域整体上的耐药基因流行程度较低,但存在的多重耐药现象提示我们应该限制抗生素的使用,多重耐药基因复杂的遗传环境也表明,需要在生产上更加谨慎的选择抗生素种类,合理有序推动“减抗、替抗”政策的实施。