股权结构作为公司治理的逻辑起点,在平衡公司权力与利益方面发挥着重要作用。不同于“同股同权”的单一股权结构,基于股东异质性现实需求所产生的双重股权结构,主要通过分离现金流权和控制权的方式,使得内部股东能够以较低的现金流成本获得具有较高投票权的股票,从而实现对公司的有效控制。基于这种稳固控制权的显著优势,双重股权结构于20世纪初在英、美等欧美国家广泛运用,但由于存在侵害中小投资者利益的风险而饱受争议,直到近些年才真正被各国资本市场所接受。这些争议同样引起了国内外学界的广泛关注,并对其展开了相关研究,但究竟是利益侵占还是内部激励,至今尚未形成一致观点。2019年6月,我国政府允许具有双重股权结构的创新型企业在科创板挂牌交易。显然,如何保护中小投资者利益成为科创板运行双重股权结构的关键。目前,双重股权结构在我国处于发展的初步阶段,有关研究相对滞后且数量较少,投资者对其相对陌生,上市规则尚不健全,中小投资者利益保护机制亦不完善。正是基于理论与现实的短板,本文针对双重股权结构下中小投资者利益保护展开研究。综合运用文献研究法、比较分析法以及实证分析法等方法,在梳理和归纳相关文献、阐明核心概念与理论的基础上,首先对双重股权结构的制度变迁与争议焦点进行了系统分析,阐述了中小投资者利益保护对于各国运行双重股权结构制度的重要性;其次从发行准入、上市运行、转换退出三个阶段对双重股权结构制度下中小投资者利益保护的具体规定进行了对比分析,在以美国资本市场的制度规定为参照的基础上,剖析了科创板市场现行双重股权结构制度在中小投资者利益保护方面的不足;再次,针对双重股权结构是否存在侵占中小投资者利益的问题展开实证分析,实证结果表明:双重股权结构下管理层持有高投票权的股份越多,现金流权的比例就越低,现金流权与投票权的分离度就会越高,对中小投资者利益侵害也就会越严重;然后,基于实证结果以及科创板中小投资者利益保护的必要性,从监管方、中小投资者和上市公司三个方面出发,围绕发行准入、上市运行、转换退出三个阶段构建了双重股权结构下科创板中小投资者利益保护机制;最后,阐明了本文的主要研究结论、局限以及未来可深入研究的方向。