流域生态系统健康评价派生于生态系统健康评价,作为一种评估工具和技术手段,对流域生态系统健康做出客观评价,为人类合理开发利用水资源,保护水环境水生态提供依据。本论文总结了流域生态系统健康的内涵,以中房溪流域为试点开展了流域生态系统健康评价。主要研究内容如下:（1）对流域生态系统健康基础理论进行了系统阐述,阐述了生态系统健康的内涵,明确构建流域生态系统健康评价基本框架和指标体系的内容和要求。（2）对中房溪流域开展现状调查,了解其自然环境、经济社会发展现状以及污染来源。根据中房溪流域的水质监测数据和现状调查情况,对其生态现状进行评价分析,并分析污染原因和主要超标因子。调查发现:在2015年到2018年期间中房溪流域多项因子出现超标现象,2018年2月主要断面监测数据中总氮数值超标,中房溪流域水质判断为Ⅴ类水质,未按要求达到Ⅳ类标准;从水体内浮游生物和鱼类的生存现状分析,水体属于轻度到中度富营养水平,沿线人类活动对水体内生物生存环境影响较大。（3）在生态环境现状分析的基础上,利用“压力—状态—响应”框架模型对中房溪流域生态系统进行健康评价,建立压力、状态、响应指标评价体系,选取能较为全面反映中房溪流域生态系统的自然、经济、社会发展情况的评价指标,并计算出中房溪流域生态系统的健康评价综合指数,对比评价标准,得出健康评价结果为:中房溪流域生态系统健康状况2016-2018年期间属于健康,但指数处于逐年递减的趋势,若不及时采取有效的管理措施和控制对策,中房溪流域生态系统现有的健康状况将受到威胁。（4）根据前期分析和评价结果,从排污总量控制、完善污染控制机制和加深社会力量参与度三方面开展论述。其中,排污总量控制主要从面源污染控制、工业点源污染控制和实施河道整治工程三方面落实;完善污染控制机制主要从建立水质监测体系、开展水资源生态补偿机制和推进流域污染问责机制建设三方面提高;加深社会力量参与度主要从拓宽公众参与面、加强宣导力度和积极发展环保社会组织三方面提升。从传统的经验做法中提炼出适用于中房溪流域的防治方案,为中房溪流域的生态环境管理和污染控制工作提供更具实际意义和显著成效的参考。