傻松口蘑线粒体基因组的注释分析及与近缘物种的比较

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线粒体DNA(mtDNA)独立于核基因组进行复制转录,具有极高的专一性和独特性,是进行分类与鉴定的重要标记。傻松口蘑作为松口蘑的取代产品备受关注,合理地开发利用傻松口蘑这一珍贵的野生资源意义深远。到目前为止,尚无傻松口蘑线粒体基因组的报道。本文以采自辽宁的一株傻松口蘑(Tricholoma bakamatsutake)菌株为研究对象,通过高通量测序组装线粒体基因组,并进行注释分析。选取NCBI已发表的4个近缘物种,即Tricholoma matsutake、Laccaria amethystina、Laccaria bicolor以及Desarmillaria tabescens的基因组序列与傻松口蘑进行比较,并根据标准蛋白编码基因进行系统发育分析。傻松口蘑的线粒体基因组全长122565 bp,包含了2个核糖体RNA(rnl、rns)、29个转运RNA(tRNA)、14个标准蛋白编码基因(PCGs)、1个rps3以及13个基因间区开放阅读框(ORF)。该线粒体基因组AT含量高达78.5%,符合真菌线粒体基因组高AT含量的特征。标准蛋白编码基因PCGs的起始密码子除cox1是以GTG起始,其余基因都是以ATG起始,14个基因都以终止密码子TAA结束;在rnl、nad1、cob、cox1、cox2以及cox3等基因中存在多个内含子。编码蛋白基因的氨基酸组成中,使用频率最高的是亮氨酸,使用次数达到2116次,使用较多的还有异亮氨酸、赖氨酸、苯丙氨酸、丝氨酸和天冬酰胺,以上6种氨基酸占比达氨基酸总量的57.29%。傻松口蘑mtDNA基因间隔区较长,无长片段的序列重复,在基因rnl、cob、cox2以及nad4中存在序列退化现象。将傻松口蘑与Tricholoma matsutake、Laccaria amethystina、Laccaria bicolor以及Desarmillaria tabescens 4个近缘物种的线粒体基因组组成、基因的顺序、PCGs密码子、独立ORF等方面分析比较,发现5个近缘物种的线粒体基因组氨基酸使用情况比较一致;线粒体基因组编码蛋白的基因中,除Tricholoma bakamatsutake和Tricholoma matsutake的cox1基因以GTG作为起始密码子,Tricholoma matsutake的nad2基因以及Desarmillaria tabescens的atp9基因以TAG作为终止密码子,其余密码子都符合以ATG为起始密码子,以TAA为终止密码子的规律。由线粒体基因组的基本顺序、内含子插入位点、氨基酸使用情况等方面的分析发现,Tricholoma bakamatsutake与Tricholoma matsutake亲缘关系相近,Laccaria amethystina与Laccaria bicolor亲缘关系较近。系统发育分析发现Tricholoma bakamatsutake和Tricholoma matsutake同属口蘑科;而Laccaria amethystina、Laccaria bicolor属于蜡伞科;Desarmillaria tabescens属于泡头菌科。本研究对傻松口蘑线粒体基因组进行了注释分析,并将其与同科或同目已确定序列的真菌线粒体基因组从基因结构、内含子、编码蛋白及氨基酸等方面进行分析比较,加深对傻松口蘑的了解,为傻松口蘑线粒体基因组分析和进化研究工作提供数据支持,也进一步确定了松口蘑和傻松口蘑的不同之处。与此同时,本研究为5个近缘物种的分类进行重新定位,为更新真菌的物种分类提供理论依据。
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