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枳椇（Hovenia acerba)是一种珍贵的经济树种,它集材、果、药、观赏于一身,生长快,适应性强,极具开发价值。枳椇种质资源的遗传多样性研究是开发利用枳椇资源中一个不可或缺的重要环节。本研究利用RAPD和ISSR两种分子标记方法,对福建省12个种源地35份枳椇材料进行遗传多样性研究，分析这些种质资源之间的亲缘关系，旨在为开发利用枳椇资源、筛选优良种源、杂交育种等工作提供一定的理论依据?疚难芯?结果如下:(1)建立并优化了适合于枳椇遗传多样性分析的RAPD和ISSR反应体系。确立了RAPD最佳反应体系为:反应总体积25μl,10×Ex Taq Buffer(Mg2+plus)2.5μl,dNTP Mixture200μmol/L,引物0.5μmol/L,DNA模板25ng,Ex Taq酶1.5U,ddH2O 17.95μl。程序:预变性94℃5min,变性94℃1min,退火36℃1min,延伸72℃2min,45个循环,最后延伸72℃10min。确立了ISSR最佳反应体系为:反应总体积25μl,10×Ex Taq Buffer(Mg2+plus)2.5μl,dNTP Mixture 375μmol/L,引物0.4μmol/L,DNA模板75ng,Ex Taq酶1U,ddH2O 14.55μl。程序:预变性94℃5min,变性94℃30s,退火50℃1min,延伸72℃90s,共35个循环,最后延伸72℃7min。(2)分别从50个RAPD随机引物和50个ISSR引物中各筛选出10个扩增强、重复性好、带型清晰的引物进行扩增。10个RAPD引物共检测了基因组DNA中193个位点,其中多态性位点有161个,占扩增总位点数的83.42 %。每个引物扩增的位点数一般在13 - 27个之间,平均为19.3个。10条引物在35个材料中共扩增出3956条条带,每个引物在每个各材料中的扩增的条带数一般在3 - 19条,平均为11.3条。10个ISSR引物共检测了基因组DNA中175个位点,其中多态性位点有155个,占扩增总位点数的88.57 %,比RAPD高出了四个百分点。每个引物扩增的位点数一般在15 - 23个之间,平均为17.5个。10个引物在35个材料中共扩增出2910条条带,每个引物在每个材料中的扩增的条带数一般在3 - 15条,平均为8.3条。将任一扩增带看作一个性状,按带的有无列出二元数据矩阵,假定处于哈迪-温伯格平衡(Hardy - Weinberg Equilibrium)下,计算出观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon多样性指数(I)、Nei’s基因多样性(H),群体总基因多样性(Ht)、群体内基因多样性(Hs)、基因分化系数(Gst)、基因流(Nm),Nei’s(1972)遗传距离与遗传相似性,并根据Nei’s(1972)遗传距离进行UPGMA聚类分析,构建各材料基因型之间亲缘关系树状图。分析表明,RAPD与ISSR两种分子标记方式都能较好地反映枳椇种质资源的遗传差异,揭示其遗传多样性。供试的福建省12个种源地35份枳椇材料存在着丰富的遗传多样性。研究结果对福建省枳椇种质资源的开发利用、杂交育种等提供了分子水平的理论依据。