作为法人主体资格变动、公司组织架构变更及公司重组的重要形式和手段之一,公司分立从创立伊始就不是一项被闲置的法律制度,而是在社会经济生活中被商人所频繁运用。《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]59号,以下简称59号文)虽然对公司分立所得税做出了大致的规定,但是由于公司法和税法基础理论研究上的双重缺失,加上企业重组的发展较晚,导致了适用条件过于苛刻,存续分立和解散分立税负的明显不公,而且在非股份支付的情况下如何调整计税基础也没有作出详细的规定,在实务中容易造成争议。公司分立是指一家公司(以下称为被分立公司)将部分或全部资产分离转让给现存或新设的公司(以下称为分立公司),并用股权或非股权回购原股东在被分立公司的股权,实现公司的依法分立。其中涉及到被分立公司用非货币性资产出资的所得和股东撤资或清算的所得,需要双重征税,但在处理存续分立和解散分立时都应当适用清算的所得税规则,这样才能符合实质课税原则和税收公平原则。另外,59号文要求股东按原持股比例持有分立公司股权才能适用特殊性税务处理,这种过于严苛的规定将极大缩小特殊性税务处理的适用余地,而且也和其他税收规定相矛盾,应当予以废除,每个股东只需满足股份支付比例达到85%即可,至于其他股东是否达到不影响他适用特殊性税务处理。在确定分立后股权的计税基础时,我们应当同时考虑被分立公司和股东两个层面的非股权支付的所得和法人股东与自然人股东的区别,利用公式计算出计税基础。完成分立后,股东层面由于递延纳税不会产生重复征税的问题,但在公司层面,如果股东是企业的话,那在整体上不存在重复征税,如果股东是自然人的话,那就存在重复征税,然而这个问题在现行税制下是无法改变的。最后,我们对假借分立实则分配的避税行为可以参考美国税法355(d)、355(e)的做法来予以限制,其中355(e)的杠杆分立和我国某征求意见稿中“超额负债”的规定很相似,但是我们也要克服美国税法过于复杂的缺点,否则可能扭曲经济行为,降低纳税人的遵从成本。本论文共计分为六个部分:第一部分为引言,简要阐明了公司分立所得税制度的研究背景和意义、学者的研究综述及本文的研究方法。第二部分梳理了公司分立在税法中的定义,分析了一般性税务处理中的纳税人和应纳税所得额,从而发现了存续分立和解散分立存在税负不公的缺点。第三部分介绍了“股东权益连续”规则,对特殊性税务处理中的按原持股比例要求提出了质疑。第四部分解读了特殊性税务处理的法规,并提出在公司层面可能会产生重复征税。第五部分论述了存续分立和解散分立具有相同的本质,在一般性税务处理中应当采取相同的处理方式,并推导了应纳税所得额的计算公式。第六部分删除了按原持股比例分立的苛刻要求,介绍了美国的355(d)和355(e)规则,并对如何规制“分立后转让”行为提出完善建议。第七部分推导了计税基础和非股份支付所得的计算公式,并用例题加以说明。