我国已经基本建立起了相对完善的三大诉讼法部门,即刑事诉讼法、民事诉讼法和行政诉讼法。各部门诉讼法在不断地理论研究与修改完善的基础上已基本形成了相互独立的理论体系和法律规范体系。但是关于诉讼法这一法部门的总体理论研究还没有发展起来,这导致了三大诉讼程序在理论与司法实践中的界限不清、秩序混乱。　　 本文首先运用案例分析法总结归纳出行政与民事程序适用冲突的概念和特征,然后在分析程序适用冲突产生因为的基础上,运用法律关系分析方法对民事纠纷与行政纠纷进行比较分析,进而将程序适用冲突分为程序适用竞合与程序适用交叉两种情况。然后在对程序适用竞合与适用交叉的概念和特征进行总结并举案例予以阐明的基础上,分别予以解决。对程序适用竞合的解决,采取了划清民事诉讼法与行政诉讼法调整范围的方法,即基于特定属性法律关系而产生的纠纷适用相对应的诉讼程序予以解决:对程序适用交叉的解决,采取了法律关系决定关系的方法,先运用相对应的诉讼程序解决处于决定地位的法律关系纠纷,再将解决处于被决定地位纠纷的诉讼程序与之相衔接,从而按照一定得逻辑顺序适用程序,使复杂的多重纠纷得到完满的解决。最后,本文提出了确立纠纷彻底解决理念、完善既判力理论和建立案件自动移送制度的建议。