目的:本研究旨在通过高通量测序技术对先天性马蹄内翻足(congenital talipes equinovarus,CTEV)患儿血浆行全转录组测序,比较CTEV患儿血浆与正常儿童血浆的mRNA、lncRNA、circRNA以及miRNA的表达谱,以确定差异表达基因和转录本,揭示先天性马蹄内翻足发展过程中可能存在的信号通路,为后续研究提供分子生物学基础。研究方法:1 RNA测序选取3例CTEV患儿(实验组)及3例正常儿童(对照组)血浆样品提取总RNA进行RNA测序。应用RNA测序全面分析3对血浆样品的转录组,筛选出CTEV患儿与正常儿童的差异表达基因与转录本。基于基因表达水平对差异表达基因进行 GO(gene ontology)功能显著性富集分析、KEGGPathway(kyoto encyclopedia of genes and genomes)显著性富集分析。2 qRT-PCR 验证应用qRT-PCR方法检测20例CTEV患儿和13例正常儿童样品中目标差异基因的表达情况,以期验证测序结果。3统计分析应用Prism 8.2.0统计学软件进行统计学分析,采用t检验方法分析目的基因的相对表达量。结果:1、RNA-Seq结果3例实验组和3例对照组共筛选出差异表达基因181个,包括58个上调基因,123个下调基因。差异表达lncRNA 23个,其中上调12个,下调11个。差异表达miRNA 23个,其中上调11个,下调12个。未筛选出差异表达circRNA。其中lncRNA 生长停滞特异性转录本 5(growth arrest specific 5,GAS5)(fold change,FC=0.0184979910605766)差异表达明显。2、生信分析GO分析表明181个差异表达基因共参与717个生物学过程、130个细胞组成和119种分子功能。显著的差异基因主要参与细胞代谢、过氧化氢代谢、氧气运输等过程。KEGG分析表明181个差异基因主要富集到43条信号通路上。差异表达基因主要参与PI3K-AKT信号通路、HIF-1信号通路等代谢通路。23个差异表达[在此处键入]miRNA共参与1945个生物学过程、270个细胞组成和349种分子功能。显著的差异表达miRNA主要参与细胞间信号、细胞过程调节等生物学过程。KEGG分析表明23个差异表达miRNA主要富集到83条信号通路上。差异表达miRNA主要参与Hippo信号通路、PI3K通路信号等代谢通路。3、qRT-PCR通过对lncRNA GAS5的定量检测,实验组血浆样品中lncRNA GAS5较对照组相比表达下调,与测序结果一致,且差异有统计学意义(P=0.0011284781)。结论:通过RNA测序研究,我们发现CTEV患儿和正常患儿的血浆具有大量差异表达的基因,在CTEV患儿血浆样品中,GAS5表达明显下调,可能与CTEV的发病相关。