KMT2D在膀胱癌中的表达及临床意义

来源 :昆明医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:goodywq2008
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[目的]基于生物信息学数据库和免疫组化实验探讨KMT2D在膀胱癌中的表达,突变及与临床病理的联系。[方法]选择2016年-2021年在昆明医科大学第二附属医院泌尿外科行膀胱癌根治性切除术的膀胱癌患者的组织石蜡66例切片,通过免疫组化检测KMT2D的表达情况,并从TCGA数据库和GEO数据库(GSE3167,GSE13507,GSE31684)下载709例膀胱癌样本的KMT2D表达数据及临床病理数据,分析KMT2D在癌与癌旁组织的表达差异,并与临床病理相联系。通过GEPIA数据库分析KMT2D在各种癌症与正常组织表达差异。利用Linked0mics数据库筛选KMT2D的正负相关基因,并将KMT2D与正相关基因导入Metascape进行G0与KEGG富集分析,了解其涉及的生物学过程、分子功能、细胞组成及信号通路。使用String数据库构建KMT2D蛋白相互作用网络,再通过cBioPortal分析KMT2D在膀胱癌中的突变类型,突变位点,突变与表达量关系,突变与预后关系。最后评估KMT2D错义突变的致病性和对蛋白质稳定性影响。[结果]免疫组化提示肿瘤组织的免疫组化综合评分为2.5(0.25,4),癌旁组织为3(1,4),差异无统计学意义(P=0.663)。通过癌组织的评分中位数将其分为KMT2D高低表达两组,结果发现两组在性别,年龄,TNM分期,组织学级别上无统计学差异(P>0.05)。在TCGA与GEO数据库也得到大致相同结果,但个别数据集有部分不同结论,如在GSE3167数据集中,膀胱癌与癌旁组织中KMT2D存在表达差异(P=0.02)。在GSE31684中,KMT2D的表达在Ta期VS T4期,T1期VS T4期有统计学差异(P=0.04,P=0.0026)。在GSE13507中,KMT2D高表达组比低表达组有着更好的预后(HR=0.58.P=0.028)。将各数据库中的总生存率进行meta分析,结果提示KMT2D高低表达与总生存率无明显关系(HR=0.78,P=0.15)。KMT2D在TCGA及MSKCC膀胱癌中有着高频率突变,为29%,共发现219个KMT2D基因突变,以截断突变和错义突变最常见。且与野生型相比,错义突变组有着更好的总生存率(HR=0.49,P=0.009),且错义突变是膀胱癌预后的独立预测因子。但各突变型与野生型没有KMT2D表达差异。G0富集分析显示KMT2D及其正相关基因主要富集于染色质组织,组蛋白修饰和结合,组蛋白H3-K4单甲基化,转录因子结合。KEGG显示主要参与赖氨酸降解,甲状腺激素信号通路和癌症中的转录失调。通过构建蛋白互相作用网络发现KMT2D与ESR1,KDM6A,EP300,ASH2L,DYP30,RBBP5,KMT2C,WDR5,PAXIP1,MEN1存在相关性。大部分KMT2D错义突变被预测是可能有害的,且功能域上的错义突变会影响蛋白质的稳定性。[结论]KMT2D的表达在膀胱癌与正常组织中不存在明显表达差异,且表达高低与临床病理特征及预后没有关联。但KMT2D在膀胱癌中有高频率突变,以截断突变和错义突变最多见,且错义突变可能与预后更佳有关。
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