近年来，我国公立高校改革一直在有条不紊的进行，在产权结构、内部治理等方面也已经取得了不少的进步。虽然，目前我国高等教育已经进行了历史性的大变革，但是传统的一些政校不分、行政化等情况依然存在，组织意义上竞争机制还没有形成。组织经济学是从80年代兴起的经济学的一个新的分支，是许多学科在组织领域中的交叉、综合和融合，是一个崭新的更加系统化的经济学科，它解释了许多经济理论。本文从组织经济学的一个分支，即威廉姆斯和科斯的交易费用经济学中寻找理论支持点，对我国公立高校组织效能问题进行探讨，从交易费用和产权理论的角度对我国公立高校组织效能低下的问题进行研究并提出对策建议。本研究主要分为以下五个部分：第一章，引言。主要介绍了问题提出的背景、研究目的、研究内容、文献综述、研究意义、研究方法。第二章，高校组织效能的相关性分析。一是基本概念的界定，主要包括组织效能、高校组织效能以及高校交易费用；二是从经济学的角度对组织和高校组织存在的意义进行分析。三是构建了我国公立高校宏微观组织模型。第三章，我国公立高校交易费用过大问题。通过对我国公立高校准营利性特点入手，从产权角度、X效率、管理制度三方面对我国公立高校交易费用过大问题进行分析,同时构建了高校组织层级结构的宏微观模型。第四章，通过对中外公立高校财务收支对比，来展现我国公立高校组织效能特点的一般性规律。第五章，建立理事会、校长、教代会三位一体的大学制度。通过这种制度的建立，来保障教师利益，同时使公立高校投资主体多元化，提高组织效能。