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奶牛个体系谱错误或丢失会导致近交衰退和遗传多样性减弱,延缓奶牛遗传进展,对奶牛选种选配和遗传改良工作造成重大影响。为优化前人研究的微卫星位点亲子鉴定技术,尝试使之能有效的应用于奶牛群体亲子鉴定与系谱构建,本研究从ISAG中初步筛选了18个微卫星位点,从佳宝一牧奶牛场采集300头荷斯坦奶牛血液及毛囊样品,9头种公牛冻精样品,经琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,筛选了8个微卫星位点(TGLA122、TGLA227、BMC1207、INRA134、INRA037、BM103、MB026和BP7)用于荷斯坦奶牛亲子鉴定。运用Cervus3.0软件对个体进行微卫星基因型的检测,计算了8个微卫星位点的等位基因数(nA)、等位基因频率、多态性信息含量(PIC)、群体观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He),并做了Hardy-Weinberg平衡检测,微卫星位点单个位点排除概率(PE),多个位点结合排除概率(CPE),运用SAS 8.2中的GLM程序对6个生产性状和8个位点进行单位点线性分析,得到如下结果:(1)8个微卫星位点多态性各异,等位基因数在7~19个之间,平均等位基因数为14.63。其中微卫星位点TGLA227、TGLA122和INRA134有19个等位基因,位点BMC1207有18个等位基因,均表现出很高的多态性;微卫星位点BP7有7个等位基因,在8个位点中多态性最低。(2)8个微卫星位点的多态信息含量(PIC)和期望杂合度(He)较高,8个位点的多态信息含量在0.520(BM103)~0.866(TGLA227)之间,平均为0.747。PIC值大于0.5则为高多态性位点,由此可见8个位点均为高多态性位点。8个微卫星位点的期望杂合度(He)在0.553(MB026)~0.880(TGLA227)之间,平均期望杂合度为0.718,进一步说明8个位点具有较高的多态性。(3)8个位点的单亲排除概率从0.181(MB026)到0.601(TGLA227)之间变化,其中大于0.5的位点有TGLA227、TGLA122和BMC1207,在双亲未知的情况下,8个微卫星位点的结合排除概率达到99%,在一个亲本基因型已知的情况下,8个微卫星位点的结合排除概率大于99%,因此初步确定微卫星位点TGLA227、TGLA122、BMC1207、BM103、INRA037、INRA134、BP7和MB026可用于中国荷斯坦奶牛的亲权鉴定体系。(4)通过对6个生产性状和8个位点进行单位点线性分析得出,微卫星位点BP7对乳蛋白量具有显著影响(P<0.05),对乳脂量具有极显著影响(P<0.01);微卫星位点INRA134对乳脂量和乳蛋白量均有显著影响(P<0.05);微卫星位点BM103对乳脂率具有显著影响(P<0.05)。