近几年,我国各级政府针对专项资金的使用问题先后颁布了相应的管理办法,如《国家重点基础研究发展计划专项经费管理办法》、《国家科技支撑计划专项经费管理办法》等,指导各地区对专项资金的管理工作有效开展。专项资金审计其实就是对政府治理效率的一次检验,即当政府管理制度完善,治理效率高,监督力度到位,那么对于专项资金的使用则更加合规合理有效率。而实施专项资金审计的主旨也在于检验专项资金使用是否合规合法,是否做到专款专用,是否有按照相关政策要求完成相关专项任务,相关专项工作是否达到预定目标等。本文研究的是专项资金审计对政府治理的作用,主要解决了两个问题:一是分析了实际工作中专项资金审计对政府治理产生了怎样的作用;二是如何提升专项资金审计对政府治理的促进作用。本文先从理论入手,运用规范分析方法,查阅相关文献,分析相关理论知识,整理得出专项资金审计对政府治理主要有三个作用:监督作用、评价作用和鉴证作用。在此理论基础上,引入案例实际分析,本文引用的案例是LQC市LNH区审计局审计区卫生计生委在2014-2015年期间,关于卫生计生专项资金使用情况,以及相关专项工作的完成情况。首先先介绍案例背景,在了解政策背景的前提下,运用比较分析的方法,比较审计前后,政府部门在治理制度上的一系列改进,即验证了前文的理论基础,又把专项资金审计促进政府治理完善的作用具体化,还能从案例中分析出在专项资金发挥作用的过程中遇到的阻碍。本文发现,因为审计结果公告制度的不完善,审计结果利用的不充分,导致了专项资金审计不能更好的促进政府治理的发展。所以本文根据这三个现实中存在的问题,分析问题存在的原因,并结合理论和现实情况,分别提出三个旨在提高专项资金审计对政府治理的作用的建议:一是提高专项资金审计工作质量,二是完善专项资金审计结果公告制度,三是提高对政府审计结果的利用。