近十年来，生态环境问题一直是各国所重点关注的。这不仅仅是表现在物种减少、植被破坏以及生态系统退化等等，而更值得注意的是：发展中国家往往在吞食生态环境破坏的恶果，而发达国家则不然。同时，对于贫困人群而言，更容易从生态系统恶化过程中受损；富裕的群体则更易从其中获益。作为发展中国家，我国有必要提高对生态环境问题的认识，及早制定合理的政策措施。从我国整体生态补偿机制的现状来看：地区间横向生态补偿方式，由于各地方政府谈判费用过高，较难达成。排污权交易方式，我国仍处于政府主导的局面。中央对地方的纵向生态补偿方式，一直是项目式的，并且范围较窄。直到2011年才正式颁布了对国家重点生态功能区转移支付办法，其内容仍有待进一步的完善。总体而言，政府力量仍在我国生态补偿机制中扮演着重要的角色。在我国逐步推进横向生态补偿制度和健全排污权交易制度的过程中，认识到短期内要充分发挥这两种制度的优势是不太现实的。然而我国目前的生态环境问题又亟待有效解决。所以本文选取研究我国基于生态功能区划的纵向生态转移支付制度。这与我国当前政府主导生态补偿的现状相适应，而且有利于解决当前急迫的生态环境问题，并能促进我国生态环境保护工作的持续开展。本文在该制度研究是以生态功能区划为出发点，避免了以往研究中生态环境指标的复杂性。同时借鉴了美国和巴西的在生态转移支付中的成功做法，在“功能赋值法”的基础上设计了我国纵向生态转移支付制度—基于生态功能区划。首先，对国内外生态补偿及生态转移支付制度方面的研究进行了梳理和分析。从而厘定了本文研究的主要思路和方向。在第二章中，对本文研究将要使用到的相关概念进行了详细的界定，同时还对构建生态转移支付制度的理论进行了细致的阐述，如生态系统服务价值理论、公共品理论、外部性理论以及可持续发展理论。这使后文论述更为清晰合理。第三章的内容是以我国现实为基础，分析我国构建基于生态功能区的转移支付制度的必要性。从考察我国生态环境保护状况作为起点，到讨论我国产业布局以及资源开发方面的要求，再阐述我国在生态功能区转移支付方面的初级实践，并分析了我国横向生态转移支付制度的实施困难情况，最后得出：构建我国基于生态功能区划的纵向生态转移支付制度是必要的。第四章主要是阐述了美国和巴西的生态转移支付的实践，总结其成功经验。其一，在美国的纵向生态转移支付实践中，其环境指标体系的构建方式是较好的做法；其二，在巴西的纵向生态转移支付实践中，其对生态环境补偿资金分配的公式是值得肯定的。第五章是本文的重点部分。其详尽的阐述了基于生态功能区划的纵向转移支付制度的整体构架。先说明了补偿对象，再对资金来源进行分析并提出我国应该以税收收入为主。其次对生态补偿标准的核算方法进行了研究，从而提出了适应生态功能区特点的生态转移支付标准的核算方法。最后，还对该制度的监督指标体系做出了阐述，其中包括：生态环境质量指标和公共服务质量指标。最后一部分是为了使该制度能够顺利有效的实施而尝试构建配套设施。其中包括生态补偿方面的法律体系构建、税收制度和省直管县体制的改革、完善排污权交易市场和横向生态转移支付制度等。