随着经济全球化的蓬勃发展和新一代科技革命的到来,世界经济的发展越来越呈现出区域性的特征,国家或区域的协同创新能力已经成为影响其区域竞争力的关键所在。中共十八大报告中指出:“要坚持走中国特色自主创新道路,以全球视野谋划和推动创新,提高原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新能力,更加注重协同创新。”在此经济和社会背景下,区域协同创新系统的创新机制设计和效率评价研究正日益成为我国乃至国际学术界关注和研究的热点问题。本文以区域协同创新机制和区域协同创新效率评价为研究对象,基于三螺旋理论对区域协同创新机制进行了总结与分析,并在此基础上,构建了区域协同创新效率评价的两阶段模型和相应的效率评价指标体系。以模型和指标体系为基础,本文继而选择我国31个省市区的创新投入和产出数据,运用超效率数据包络分析方法(SE-DEA)进行实证研究。最后根据效率评价结果,分析了我国区域协同创新的现状和存在的问题,并针对问题提出了相应的对策和建议。