我国农户超小规模的生产经营与社会大市场之间的矛盾，在相当长的一个时期内，是我国农业发展的一个基本矛盾。随着我国加入WTO，农村经济将不可避免地纳入经济全球化的轨道。大幅度提高农产品质量和农业的核心竞争力，有效增加农民收入已成为建设社会主义新农村，推动整个国民经济全面协调发展的重中之重。实现这一战略目标，必须解决在市场经济条件下，亿万超小规模经营的农户与日益扩大的市场之间的突出矛盾。这一矛盾集中表现为小农户与大市场之间交易费过高、交易效率低下。因此，进一步加强农民专业合作社制度创新的研究，提出促进其健康快速发展的若干制度创新设想，不仅具有一定的理论意义，而且具有较强的现实意义。 本文阐述了合作社的本质规定性及我国农民专业合作社制度变迁的基本过程，简要回顾总结了国内外合作经济及其组织发展、改革的主要经验教训。然后剖析了农村供销社、信用合作社等传统农民专业合作社和新兴农民专业合作社组织制度的绩效和缺陷。传统的农民专业合作社组织制度存在的问题主要是产权不清晰、管理体制不顺、法人治理结构名不副实、政策性业务与政策性补偿不对称，新兴农民专业合作社组织制度的重要不足是产权结构存在缺陷，治理结构和内部管理制度不健全，分配制度不完全符合合作制的本质要求，外部制度供给严重不足。进而提出制度创新要坚持六条原则，即要坚持“民办、民管、民收益”的原则、诱致性变迁为主、强制性变迁为辅的原则、农民专业合作社形式多样性原则、以家庭承包为基础和农民自愿的原则、正式制度与非正式制度变迁协调演进的原则。其目标是建立一种有效的，由私有、共有和公营组成的复合型产权结构和产权制度；创新分配制度，克服传统合作社的弊端，在合作社盈余分配中引进股份制的因素，兼顾社员股金的收益；在内部治理结构改革上，坚持按民主管理的前提下，适当增加社员股金的投票权，使过于分散的投票权趋于集中，从而提高决策效率。同时大力创新和优化外部宏观政治法律、经济、文化制度环境。