川金丝猴为我国所特有的灵长类动物，它隶属于灵长目(Primates)猴科(Cercopithecidae)仰鼻猴属(Rhinopithecus)。作为一种树栖动物，其栖息地与森林植被有密切的关系。但由于人类对森林的砍伐和过度开发以及其他原因，川金丝猴过去连成大片的分布格局被分割缩小，形成现在这种不连续的岛状分布格局，整个川金丝猴的个体数量也急剧下降。为了采取有效的保护措施，有必要从遗传学的角度来探讨它的种群结构，遗传多样性以及种群的演变历史和影响因素。但是目前关于川金丝猴的保护生物学研究主要集中在对其生态环境的研究方面，相关的保护遗传学方面的研究还很少。因此我们利用分子生物学技术探讨了川金丝猴的种群遗传结构及其分布格局形成的历史。 本研究以变异速率比较快的线粒体控制区作为遗传标记，比较了来自四川、甘肃、陕西和湖北神农架等地60个个体的序列差异，发现12种单倍型，其变异位点占整个碱基数的14.2％。整个群体的核苷酸多样性为0.033，比大熊猫的核苷酸多样性(0.06)还低。这种贫乏的遗传多样性说明川金丝猴可能在历史上经历过严重的瓶颈效应。通过不同方法构建的系统发育树也证明了这一点。最小跨度树直观的显示出现生的川金丝猴有可能是由经历瓶颈效应后幸存于岷山山系的群体扩散而来，但这还需要进一步的验证。单倍型的地理分布特点和AMOVA分析结果表明川金丝猴的不同地理种群之间存在极其显著的分化，这可能是由于长期地理隔离阻碍了基因交流所致。 在川金丝猴的保护生物学方面，本研究依据单倍型的地理分布和地理种群之间的分化水平提出湖北地理种群、陕西地理种群以及四川和甘肃地理种群都应当作为独立的管理单元分别加以保护。