国内外的一系列会计丑闻引发了人们对会计利润的信任危机，因此以现行会计利润为基础的公司财务理论研究其可靠性有待考证。所以理论界和实务界越发重视自由现金流量这一新概念。而在股东与经营者的委托代理关系中,由于所有者与经营者利益目标的不一致会导致经营者出现在职消费、过度投资、投资不足等行为，而这类行为将会产生相应的股权代理成本。当企业自由现金流量水平较高时，经理人员滥用自由现金流量的行为发生的可能性也就越大。所以降低经理人员的控制权，有效减少代理成本是每个投资者都关心的问题。创业板上市的公司大多从事高科技业务,具有较高的成长性,相关代理问题更具特色。本文将结合创业板上市公司发展的特点以及代理关系来研究创业板上市公司自由现金流量对代理成本的影响，从而更为全面的了解创业板上市公司的代理问题，为建立合理有效的公司治理机制提供政策性建议。文章在研究中引入经营者自由现金流量这一概念，即在股东自由现金流量的基础上,扣除优先股和普通股股息的自由现金流量。管理者虽然不拥有这部分现金流的所有权，但却直接掌握其用途的决策权。因此,在企业自由现金流量与股权现金流量之外,我们应给予经营者自由现金流量足够的重视。本文首先对相关理论文献进行梳理，阐述归纳自由现金流量的概念并解释代理成本问题的由来。接着进行实证分析，探究创业板上市公司自由现金流量对代理成本的影响。实证结果证实现阶段创业板上市公司自由现金流量与代理成本同方向变化。虽然现阶段创业板上市公司自由现金流量水平不佳，代理成本问题并不十分严重。但随着企业规模扩大，自由现金流量水平激增，代理问题将会逐渐显现。所以，创业板上市公司应该引入合理的管理机制，这样企业的才会取得持续化的健康发展。