低温冷害是玉米生产上发生频率高、不好预测的自然灾害,已成为我国玉米生产上的典型非生物胁迫因素。筛选和培育优质玉米耐冷品种是最为直接有效降低低温冷害的方式。发现和挖掘耐冷性基因是培育耐冷性品种的首要任务,创建准确、快捷、稳定的耐冷性鉴定与评价体系对筛选和培育优质玉米耐冷品种、解决生产冷害问题意义重大。在玉米种质耐冷性方面,随着分子标记技术的不断提高,能够快速地进行深入发掘,并提高培育优质品种的效率。本试验以247份玉米骨干自交系为供试材料,分别在萌发期、芽期进行低温胁迫,研究并测定在萌发期、芽期与耐冷性有关的各类指标。采用四种分析方法（主成分分析、回归分析、聚类分析、判别式分析）对玉米萌发期、芽期进行耐冷性有关的综合评价,并对247份玉米骨干自交系进行耐冷性鉴定并按照强中弱级别进行分类。利用247份玉米骨干自交系的高通量基因型数据和耐冷性有关的表型数据开展全基因组关联分析,筛选与耐冷性状显著相关的SNP。主要研究结果如下:1、系统聚类将247份玉米自交系细划分为4个类型,耐冷性强品种14份,耐冷性适中品种31份,耐冷性敏感品种52份,耐冷性极敏感品种150份。对247份玉米骨干自交系在萌发期6℃低温胁迫下的8个耐冷性指标进行主成分分析后,综合为2个相互独立的综合指标。对247份玉米自交系和其相对应的8个指标进行判别式分析正确率高达99.0%。2、根据247份玉米骨干自交系芽期在2℃低温胁迫下的存活率可分为5个级别。耐冷性极强品种有10份,占总体的4.05%。耐冷性强品种有19份,占总体的7.69%。耐冷性适中品种有43份,占总体的17.41%。耐冷性敏感品种有169份,占总体的68.42%。耐冷性极敏感品种有6份,占总体的2.43%。3、按照遗传多样性和群体结构可将247份玉米骨干自交系归纳为6大类,采用MLM模型对247份玉米骨干自交系的萌发期耐冷性进行关联分析,发现当P=10^-5（-Log P=5.0）设为阈值时,总共检测到与耐冷性有关显著SNP位点70个。除玉米第4染色体外,其他染色体都存在显著位点,可以解释10%到20.15%表型变异。对玉米骨干自交系芽期耐冷性进行关联分析,发现3个显著SNP位点与胁迫存活率有关,分别存在玉米第2、7、9染色体上,可以解释9.88%到12.20%表型变异。