作为最早在哲学范围内探讨的一个专业术语，本体（ontology）为哲学家们用以描述客观世界内一切实际存在的现象、行为及事物的本质。随着计算机科学相关技术的发展，本体对客观事物本质的描述功能逐渐被计算机、人工智能等领域的研究学者所关注并被逐步引入到相关领域。在哲学领域本体含义的基础上，计算机领域的学者对“本体”的定义作了进一步的延伸，将其定义为描述知识的术语及关系。在计算机、信息组织等领域，本体的功能是作为一种知识组织体系，本体不仅准确定义并描述了领域知识范围内的重要概念，同时对概念间的语义关系也进行了准确的定义与描述，从而实现了知识表示与组织的多样化、语义化。近年来，国内外在本体理论与应用两方面的研究都迅速发展，无论是理论研究、实证研究，还是技术手段的实现和应用都方兴未艾。本文介绍了国内外领域本体的研究现状，探讨了本体的相关理论与构建方法和工具。为了验证用本体进行知识组织与管理的可行性及现有本体建模方法与工具的有效性，本文以斯坦福大学开发的“七步法”为本体构建方法，利用其开发的本体构建工具Protégé进行了肝炎病毒蛋白领域本体的构建试验。通过建立概念、概念之间的语义关系表达了肝炎病毒蛋白的领域知识。通过具体的本体构建流程印证了领域本体构建工具与方法的可行性，在此基础上总结出一套本体构建的具体流程，为本体构建的相关方法与工具在生物医学领域的应用提供了样例。本文的研究内容主要包括本体相关理论研究，领域本体构建方法与构建工具的研究，肝炎病毒蛋白领域本体的构建，以及肝炎病毒蛋白领域本体在检索中的应用。