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一直以来抗病育种都是养猪业的重要工作之一,提高猪自身免疫能力是从根源上提高猪的抗病能力。T淋巴细胞是淋巴细胞的重要组成部分,在免疫调节功能上扮演重要角色,但与其相关的研究多涉及单基因或重要的信号通路,而近年来高通量测序技术迅速发展,从全基因组角度解析T淋巴细胞的作用机理很有必要。CD4/CD8 T淋巴细胞在胸腺的发育经历双阴性、双阳性和单阳性三个时期,不同分化时期基因的表达可能存在差异。本研究旨在采集新鲜的仔猪胸腺组织,制备胸腺细胞悬浮液,标记CD3、CD4、CD8流式抗体,利用流式细胞术分选胸腺CD4/CD8四类T淋巴细胞,经过单类细胞测序,分析转录组数据,挖掘差异表达基因,为探究T细胞发育的相关分子机制提供参考依据。我们得到的具体结果如下:(1)采集仔猪胸腺组织,通过酶消化处理,制备成细胞悬浮液,通过流式细胞术分选得到CD4~-CD8~-、CD4~+CD8~+、CD4~+CD8~-和CD4~-CD8~+四类T淋巴细胞。(2)利用单类细胞测序得到胸腺CD4/CD8 T淋巴细胞的转录组数据并进行分析,发现DN-DP、DP-CD4单阳、DP-CD8单阳三个发育阶段有大量的差异表达基因。(3)按照发育主线分析差异基因的表达,发现很多差异基因,在T细胞双阴性至双阳性发育阶段,129个基因显著上调,125个基因显著下调;双阳性到CD4单阳性分化阶段,基因表达情况为显著上调的44个,显著下调的104个;双阳性到CD8单阳性T细胞分化时期,显著上调的基因为35个,显著下调的为76个;DN-DP-CD4和DN-DP-CD8发育阶段基因差异表达可分为9种情况,每种情况的差异基因不等。(4)基因表达在DN—DP阶段差异不显著时,DP—CD4 SP阶段显著下调与DP—CD8 SP阶段显著下调的基因有8个相同的,SLA-DQA、PTCRA、ADM5、ID1、DCK、ARPP21、XKRX、TRIM58;DP—CD4 SP阶段显著上调与DP—CD8 SP阶段显著上调的基因有1个相同的,IL17R。基因表达在DN—DP阶段显著上调时,DP—CD4 SP阶段显著下调与DP—CD8 SP阶段显著下调基因有12个相同的,C1QA、PCD1B、CD1D、EPCAM、GSX2、COL5A2、FABP6、CD1A、RAG1、RORC、BST1、C17(f67),其中DP至CD4阶段显著下调的基因中有CD8A、CD8B,DP至CD8阶段显著下调基因中有CD4。(5)对T细胞分化的三个阶段的差异基因开展GO富集分析,发现差异基因均参与免疫系统过程,调节细胞活化,淋巴细胞活化,抗原加工和呈递等过程和功能。本研究通过单类细胞转录组分析,得到胸腺CD4/CD8四类T淋巴细胞的差异表达基因,在全基因组水平上筛选T细胞不同分化时期差异表达基因,为猪CD4/CD8T淋巴细胞的研究提供了一些数据依据,同时为猪免疫研究提供了一些新思路。