“三农”问题作为民生热点问题,一直是国家进步和社会稳定的定盘星,党中央、国务院高度重视粮食问题,时刻强调“将中国人的饭碗牢牢端在中国人自己手中”。为实现农业高质量发展的要求,农业农村部会同有关部门和地方政府认真贯彻落实党中央、国务院决策部署,持续推进高标准农田建设,于2021年9月16日发布《全国高标准农田建设规划（2021-2030年）》,《规划》提出到2030年,中国要建成12亿亩高标准农田,确保全国粮食产量连续多年稳定在1.3万亿斤以上。截至2020年底,全国已完成8亿亩高标准农田建设任务,2021年,中央财政通过一般公共预算安排787.82亿元,支持全国建设高标准农田8000万亩,而要实现到2030年建成12亿亩高标准农田的战略目标,中国十年间在建设高标准农田上的投资要达到1.2万亿元。2023年2月13日中央发布一号文件——《中共中央国务院关于做好2023年全面推进乡村振兴重点工作的意见》,其中加强农业基础设施建设方面特别强调加强高标准农田建设。为保障农业专项资金覆盖高标准农田建设的全过程,让农业专项资金充分被合理、妥善利用,按时完成中央保障粮食安全重大战略部署,对农业专项资金审计的研究显得尤为重要。文章首先采取文献分析法,通过分析国内外有关于高标准农田建设及农业专项资金审计的相关理论及文献,结合相关研究成果,梳理出相关理论体系,从而行成了本文的研究基础。其次采用案例分析法,选取农业专项资金中微观层次的县级高标准农田建设项目,文章中所选取的内蒙古自治区B县,作为最近几年刚刚摘帽的乡村振兴帮扶县,农业发展水平对于县域经济的发展至关重要。2019至2021年,B县共筹集高标准农田建设农业专项资金18,896.53万元,共设立高标准农田建设项目6个,建设任务面积18.03万亩,整个高标准农田建设项目投入金额大、建设面积广,因此其具有一定的代表性。在对案例进行深入研究后,笔者发现我国地方审计机关在审计实施过程中存在些许问题,如审计覆盖不全面、审计方式落后、审计结果公开程度不高、农业专项资金绩效审计开展不足等。针对其问题,文章分析了相关原因,包括审计证据获取难度大、审计人员综合素质欠佳、审计结果公告制度落实受限以及绩效审计意识树立不足等。最后针对往后的农业专项资金审计实务工作提出了具备一定可行性的相关建议。本文认为应该借助大数据审计扩大审计覆盖面、优化审计思路、制度保障审计、提高审计处理时效性、提高审计结果透明度、强化农业专项资金绩效审计体系建设,以期对实务的开展工作有所借鉴,为后续农业专项资金所投资项目的审计提供一定的帮助,实现政府审计的目标,进一步发挥政府审计的监督作用。