中国农民合作组织诞生于中国农业实施家庭承包制度以后，目的在于把农民集中组织起来，力求规避农民单独面对市场所产生的风险，解决由于生产技术水平低下造成的生产效率低，以及规范农产品的标准化等各种问题以提高农民收入。新疆作为中国农业重要的生产基地之一，农业又是新疆经济中重要的产业之一，但为了新疆农业得以更快的发展，更需要农民专业合作社的存在。本文通过整理资料，分析了新疆农民合作组织的现状，找出了新疆农民合作组织存在的问题。然后将地理条件及经济发展与新疆相似的北海道农协的情况罗列出来，举出实例，将日本农协和新疆农民合作组织进行了比较全面的比较，指出二者在各自的发展中存在的问题，并对新疆农民合作组织今后的发展提出了参考性的建议。本文分为三大部分。第一部分首先介绍了本文的研究背景，整理出了有关中日农协的研究成果，以及本文研究的目标、意义和研究方法。第二部分包括第二章与第三章。第二章概述了中国农民合作组织的组织类型、组织构成等，然后叙述了新疆农民专业合作组织的成立背景、现状、运作方式、作用及存在的问题。第三章分别讲述了日本农协中的综合农协和专门农协的类型、业务、组织构成及运作方式，并通过北海道的案例分析日本农协的现状。第三部分包括第四章与第五章。第三部分是本论文的重点。第四章从地理条件及在国内农业地位、组织构成与运行模式、设立目标、业务范围、组织构成、登记办法与监督机构、成员资格与享有的权力、成员出资与利益分配制度、管理结构、在农业发展中所起作用等十个方面，将新疆农民专业合作组织与日本（北海道）农协进行了比较。然后在分析了比较研究的结果后，指出新疆农民合作组织存在的问题，包括定义模糊、农民身份不明确、联合组织较少、业务范围较窄等问题。第五章对新疆农民专业合作组织健康发展，从政策性方面、组织构成与运作方式方面提出一些中肯的对策建议，最后构想了新疆农民专业合作组织的发展模式，认为要解决农民最迫切的资金问题，可以考虑开展，或者制定类似《组合员勘定》之类的制度。