医药制造业是学术界和各国政府认可的最具发展潜力的高新技术产业之一,对稳定中国国民经济增长节奏和调整经济结构具有重大战略意义。针对近年来中国药品高需求的现状,提高中国医药制造业的技术创新效率迫在眉睫,同时明晰各地区医药制造业的结构差异,对厘清中国各地区医药制造业发展状况大有裨益。因此笔者从中国医药制造业地区间专业化水平和技术创新效率差异来研究中国医药制造业的区域差异,并且分析了影响地区间专业化水平和技术创新效率差异的因素。本研究有以下五个发现：(一)中国医药制造业东北经济区、大西南和大西北经济区的专业化水平较高、北部沿海和东部沿海经济区的专业化水平最低、黄河中游、南部沿海及长江中游经济区的专业化水平处在中间；(二)各地区间的专业化水平差异度大：海南的产值、就业专业化指数值最高,吉林、云南次之,北京、上海、浙江等地的专业化水平较低；(三)市场竞争环境、内部研发强度对中国医药制造业区域的专业化分工和生产有显著正向影响,政府政策扶持有显著负向影响,外来技术溢出和消化吸收能力的交互项较单纯的外来技术溢出的作用有不同程度的提高；(四)中国医药制造业技术创新效率总体较低,并且不断上升,技术开发效率略低于技术成果转化效率；地区间的技术创新效率差异较大,其中山东、天津、广东的技术开发效率最高,江苏、浙江、山东的技术成果转化效率最高,甘肃、内蒙古、海南等地的技术创新效率最低；根据各地区两阶段效率,28个省市自治区被划分成四类；(五)企业规模和市场竞争度与技术创新效率有显著正向关系；政府扶持对技术开发效率有显著正向影响,产业绩效与技术成果转化效率存在显著负向关系。基于研究结论,笔者提出了促进中国各区域医药制造业发展的政策建议。在文章最后罗列了本文的局限性和未来研究方向。