两岸电子信息产业合作在两岸经贸合作中占有重要的位置。在三十多年的曲折发展后，面临着国民党重新执政、两岸经济框架协议签署和国际金融危机冲击等新的发展机遇和挑战。在新的形势下，如何保障两岸电子信息产业合作的持续、稳定和健康发展是一个重要的课题。因此，加强两岸的电子信息产业的合作研究具有很强的现实意义。本文基于国内外学者对产业内贸易及产业内贸易影响因素的研究理论和成果，对两岸电子信息产业的贸易分工合作进行了分析。通过对电子信息产品的显性竞争力指数、产业内贸易指数和具体产业内贸易类型进行测算，发现两岸电子信息产业贸易的分工合作的关系由互补向互补和竞争转化，分工形式也从最初的产业间贸易向产业内贸易转变，且产业内贸易的形式表现为垂直型产业内贸易。通过对两岸电子信息产业内贸易影响因素的实证分析，发现两岸电子信息产品垂直型产业内贸易水平和台商对祖国大陆电子信息产业的投资额以及两岸人均GDP差异之间存在长期稳定的均衡关系，且台商对祖国大陆电子信息产业投资对两岸垂直型产业内贸易为正效应。进一步Granger因果检验的结果表明台商对祖国大陆电子信息产业投资以及两岸人均GDP差异对于两岸电子信息产品产业内贸易具有推动作用。另外，基于产业生命周期理论和外商直接投资的区位选择理论，本文对两岸电子信息产业投资分工合作进行了分析。通过对台商投资电子信息产业的区位选择因素的理论和实证分析，我们得到两岸电子信息产业合作的偏好因素和区域合作特点。我们得出台商更为看重的是市场集聚配套因素，环渤海和西部地区吸引台资的能力增强，其在科研更为看重的情形下，未来吸引台资的区域也将向人才储备量丰富的环渤海和长三角地区倾斜。陆企对台湾电子信息产业的投资处于起步阶段，且由于种种限制，陆资入台的效果不佳。两岸电子信息产业分工是以两岸电子信息产业投资和贸易为主导的。两岸电子信息产业分工的形式并随着投资和贸易的变化而发生变化，由垂直分工转向水平分工转化。最后，结合现状及发展机遇，对两岸电子信息产业的分工做了展望，并对两岸电子信息产业的合作提出了对策建议。