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肠道病毒71型(Enterovirus71, EV71)是引起儿童手足口病(Hand, foot and mouth disease, HFMD)暴发流行的主要病原体之一,它还能够引起无菌性脑膜炎、神经源性肺水肿等与神经系统相关的疾病,致残及病死率较高。2008年春夏之际,我国部分省区(市)出现了EV71引起的手足口病的严重疫情,重症和死亡病例不断出现。2008年5月卫生部将手足口病纳入丙类传染病进行管理。EV71是小RNA病毒科(Picornaviridae)肠道病毒属(Entero virus)的成员,VP1是其主要的中和决定因子,能够直接决定其抗原性,具有与肠道病毒血清型完全对应的遗传多样性。EV71的5’非编码区(Untranslated region, UTR)含有一个Ⅰ型的内部核糖体进入位点(Internal ribosome entry site, IRES)和其它结构,在病毒复制和翻译起始过程中发挥重要的作用,对脊髓灰质炎病毒的研究发现5’UTR涉及病毒毒力。对不同临床背景的EV71毒株的VP1和5’UTR核酸序列的测定和分析,有助于阐明EV71的VPl和5’UTR与致病性的关系；确定EV71毒株的型别对于EV71的亚型的监测和防控策略的制定有较大的意义；目前有关EV71的研究中,IRES在EV71的5’UTR区的定位和长度仍不明确,确定IRES在EV71的5’UTR区中的准确位置,可以为研究IRES的功能提供更加精确的位点。目的1.比较不同临床结局EV71毒株VP1和5’UTR的核酸序列。2.确定研究中EV71毒株的型别。3.比较不同临床结局EV71毒株5’UTR的RNA二级结构。4.确定EV71内部核糖体进入位点(IRES) 5’及3’端分界。方法1.标本来源：粪便标本采集自2010年3月至5月间在郑州市第六人民医院住院的手足口病患儿。2.病毒核酸提取：提取标本处理液中的病毒RNA。3.EV71的检测：用EV71特异性引物对提取的病毒RNA进行RT-PCR检测。4.VP1和5’UTR的逆转录PCR：挑选不同临床结局的EV71毒株的RNA,分别用VP1和5’UTR特异性引物对VP1和5’UTR进行扩增。5.5’UTR的克隆与鉴定：经过凝胶提取和纯化,将所得的5’UTR片段与载体进行连接,转化入感受态细胞中,筛选阳性克隆,增菌培养后提取质粒,以5’UTR特异性引物对提取的质粒进行PCR检测。6.分析比较VP1和5’UTR序列,构建系统进化树：将不同临床结局EV71毒株VP1、5’UTR测序后用MEGA5进行核酸序列的分析。用MEGA5构建系统进化树。7.5’UTR的RNA二级结构预测：用RNA draw 1.1来预测5’UTR的RNA二级结构。结果1.获得了EV71 VP1和5’UTR完整的核苷酸序列。2.研究中11个毒株的VP1核苷酸序列(891bp)间的一致率都在97.6%以上,重症组和轻症组毒株间VP1序列的一致率在97.8%-100%之间。11个毒株VP1氨基酸序列(297个氨基酸)间的一致率为100%。9个毒株的5’UTR核苷酸序列(743bp)间的一致率均在96.9%以上,重症组和轻症组毒株间5’UTR序列的一致率在96.9%-99.0%之间。3.2010年郑州EV71毒株的VP1核酸序列与C4a亚型毒株的平均一致率为97.4%,属于C4a亚型。根据5’UTR核苷酸序列的系统进化分析结果与根据VP1核苷酸序列的结果一致。4.重症以及死亡毒株的5’UTR RNA二级结构比轻症毒株的二级结构复杂和紧凑。5.确定EV715’UTR的IRES定位于第101～592核苷酸之间的区域。结论1.研究中EV71毒株VP1和5’UTR核苷酸序列同源性较高,VP1氨基酸序列完全一致,未发现重症和死亡毒株特异性的差异位点。2.研究中的11个EV71毒株均属于C4a亚型。3.根据EV715’UTR分型的结果与根据VP1核酸序列分型的结果一致。4.EV715’UTR的内部核糖体进入位点定位于第101～592核苷酸之间的区域。