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目的:初步探究碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌(Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE)感染的危险因素、分子流行病学及主要耐药机制,为临床制定治疗CRE感染的方案提供理论依据。方法:收集2015年1月至2016年12月重庆市19家区县医院分离的85株CRE菌株。采用脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)和多位点序列分型(Multiple Locus Sequence Typing,MLST)两种经典的流行病学研究方法对实验菌株进行同源性分析;对碳青霉烯酶相关耐药基因、超广谱β-内酰胺酶(Extended spectrum β-lactamases,ESBLs)相关耐药基因、喹诺酮类相关耐药基因、氨基糖苷类相关基因进行PCR扩增,并对阳性产物进行测序检测以确定基因型别。此外,回顾性分析39株广泛耐药肺炎克雷伯菌(extensively drug-resistant Klebsiella pneumoniae,XDR-KP)感染患者的病例资料以进行感染危险因素研究。结果:1、体外药敏结果显示:85株CRE菌株对厄他培南(ETP)的均表现为耐药;对亚胺培南(IPM)的总体耐药率为82.3%;对美罗培南(MEM)的总体耐药率为89.4%;对三、四代头孢菌素耐药率分别为95.2%和61.2%;对喹诺酮类和氨基糖苷类抗生素的总体耐药率相对低于β-内酰胺类抗生素,分别为58.8%和52.9%。2、对相关耐药基因进行检测发现:85株CRE菌株中80株(94.1%)菌株携带碳青霉烯酶基因,其中32株携带blaNDM-1基因、13株携带blaNDM-5基因、1株携带blaIMP-8基因、5株携带blaIMP-4基因、38株携带blaKPC-2基因;76株(89.4%)菌株携带ESBLs基因,其中42株携带blaTEM基因、43株携带blaSHV基因、58株携带blaCTX-M基因;另外,有73株(85.9%)携带QRDs基因;有68株(80.0%)菌株携带ARDs基因。3、PFGE结果显示:48号、49号和50号菌株为相同克隆型别,且均来源于同一家医院,提示可能出现医院内感染的爆发流行。MLST结果显示:49株肺炎克雷伯菌分属10个ST型别,其中以ST11(73.4%)型别为主;16株阴沟肠杆菌分属8个ST型别,其中以ST51(37.5%)型别为主;15株大肠埃希菌分属8个ST型别,其中以ST167(40%)型别为主,其余ST型别较为分散。4、多因素logistic回归分析显示:入住ICU(OR:3.01,95%CI:1.12-8.07,P=0.029)、内置引流管(OR:3.24,95%CI:1.11-9.45,P=0.032)和碳青霉烯类抗生素使用(OR:5.08,95%CI:1.42-18.16,P=0.012)是导致XDR-KP感染的独立危险因素。结论:1、此次收集的重庆市CRE菌株整体呈现高水平耐药,部分菌株同时对多种不同类型的抗生素呈现耐药;2、此次收集的重庆市CRE菌株中有94.1%的菌株携带了具有水解碳青霉烯类抗生素能力的碳青酶烯酶耐药基因,推测产碳青酶烯酶可能为重庆市区县CRE菌株的主要耐药机制。另外,本次研究首次发现一株同时携带blaNDM-1、blaKPC-2和blaIMP-4三种耐药基因共表达的菌株;3、流行病学分析显示:重庆市产KPC-2酶的肺炎克雷伯菌主要以ST11型别流行为主;部分医院内部出现同源菌株克隆传播的现象,但并未发现跨区县爆发流行的同源菌株。4、目前XDR-KP感染形势严峻,加强ICU病房的监管和防控,减少相关侵入性操作及合理使用抗菌药物是防止广泛耐药菌株的产生与流行的有效措施。