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本文通过对国际生物信息学数据库进行挖掘,利用NCBI(National Center of Biological Information)中的GenBank信息资源,使用Entrez检索工具,和Blastn相似性检索工具,从中获得23属90种禾本科植物的rDNA中的ITS(Internal transcribed spacer)序列作为研究对象,本研究的目的是利用ITS核苷酸序列构建禾本科内典型植物的分子系统进化树,以便验证分子生物学手段在禾本科系统分类、进化研究中的应用价值,并增进我们对禾本科遗传背景及亲缘关系的了解,为禾本科杂交育种和杂种优势利用中的亲本选择提供分子遗传学指标。 本研究以生物信息学为基础,使用Entrez工具,对NCBI的GenBank数据库及其相关联的多个数据库的进行关键词检索,从中获得禾本科植物的rDNA的ITS完整序列,包括ITS1、5.8S、ITS2,然后通过Blastn以Entrez检索得到的序列内容为母本,对其进行相似性检索,从中获得同源序列,经过过滤、筛选后将所得到的序列在NCBI Sequence viewer中输出,每条序列以NCBI格式保存,以各序列NCBI Locus命名保存。 使用DNAstar、Bioedit、包括一些DOS命令将所获得的序列经格式转换以后,导入到ClustalX中对23个属90个种进行同源序列比对,得到同源比较结果,并用对ITS序列进行了统计分析。 将所获得的序列比对结果导入到Mega 3.0中,对其构建了NJ树、ME树、UPGMA树,用Phylips构建了MP树,对90种禾草植物的rDNA的ITS序列做了系统分类、亲缘关系和进化顺序分析。 结果表明,根据对禾草植物所做的ITS序列的系统分类基本与传统分类相吻合,但也有少数种有例外。从构建的系统树分析,可以看出各属之间的亲缘关系,从构建的系统树枝长上基本确定了各种禾本科植物的进化顺序及起源时间,同时我们还提出了在使用GenBank等数据库进行数据挖掘时应注意的一些问题。