自2005年启动股权分置改革以来,我国上市公司股权结构发生了很大变化,人们将焦点更多的放在大股东与管理层的关系方面,而中小股东利益保护的有效性,能否获得合理回报等问题常常受忽视。有研究表明,薪酬激励并不必然解决委托代理问题。公司高管层可能自定薪酬,侵害中小股东利益。本文基于中小股东利益保护角度,在借鉴国内外相关研究成果的基础上,立足于委托代理理论和激励契约理论,分析高管人员与中小投资者利益冲突所在。在此基础上,收集2007-2009年相关公司数据,设置了隐性薪酬和显性薪酬激励变量,长期薪酬和短期薪酬激励变量,并选取公司规模和股权制衡结构作为控制变量,运用实证研究的方法检验不同激励方式下高管薪酬与中小股东利益的相关性,寻求保护投资者利益的有效激励途径。实证结果显示:国有控股公司高管现金薪酬越多,在职消费越高,侵占中小股东利益的可能性越大。而我国高级管理人员的持股比例偏低,不能很好的促使高管人员的利益与公司(股东)的利益一致,有效的保护中小投资者利益。公司规模对投资者利益保护的影响是复杂的,规模越大,高管层可以操纵的应计利润越多,但高管层也可能选择发放股利来吸引公众。第二大至第五大股东持股比例和中小投资者利益关系并未达到我们的预期。“一股独大”的存在依然促使高管层对中小股东利益进行掠夺。最后本文结合上述结论的分析,提出我国上市公司中小投资者利益保护的几点政策建议,以期更好的保护中小投资者利益。