光绪七年(1881年)九月十六日起,新疆镇迪道下辖的吐鲁番“为保婴孩”设牛痘局点种牛痘,在吐鲁番地区产生了重要影响。吐鲁番建立牛痘局之前,民间避痘方式比较消极,且风险较大,如延喇嘛诵经,或者携无病家眷去避痘,或者使用人痘防疫法。吐鲁番牛痘局建立初期困境丛生,但是民众很快发现点种牛痘保婴效果极好,“欣然愿点”,这使吐鲁番牛痘局有了进一步的发展。随着点种幼孩的人数增多,牛痘局在疫苗供给、痘师配备和经费方面作了一些调整。同时因为经费拮据的问题,吐鲁番牛痘局培养本地种痘学徒“以节靡费”。清朝末年因积弊丛生,牛痘局逐渐走向没落。本文以晚清吐鲁番牛痘局的建立、发展和没落为线索,探析了新疆建省以后吐鲁番牛痘局后在当地发挥的重要作用,同时也反映出清政府对新疆的重视以及治理的加强。