东北红豆杉（Taxus cuspidata）属红豆杉科红豆杉属,主要生长于中国东北地区、日本、朝鲜和俄罗斯。由于其天然种质遭到极大程度的破坏,现存种群规模极小,已被我国列为珍稀濒危保护植物。东北红豆杉不仅能提取良好的抗癌药物紫杉醇,其材质坚硬,树形美观,即是高质量的用材树种又是珍贵的绿化树种。近年来,众多学者的研究热点主要在于东北红豆杉的繁育特性、生理特点以及其内在的化学成分,而对东北红豆杉在栽培条件下的变异及其遗传机理研究尚不完善。本研究通过利用SLAF-seq测序技术,构建了东北红豆杉的SLAF文库,获取了大量的SLAF标签和SNP位点,分析了东北红豆杉的遗传多样性,分析品种之间的亲缘关系;同时针对东北红豆杉存在形态变异,对其种源、叶片颜色及大小、果实颜色及大小、叶密度、分枝强度、种子被假种皮包裹位置等主要性状进行分析,为东北红豆杉的遗传改良提出可供参考的必要理论依据。本研究获得以下主要结果:1.实验选择Hin CII酶切东北红豆杉基因组,将日本水稻晴作为对照组,利用Illumina测序平台对61份东北红豆杉实验样本进行了测序。本实验获得1 788 524个SLAF标签,标签的平均测序深度为11.20x。其中,多态性SLAF标签有470 725个,共获得3 084 611个SNP标记。2.61份东北红豆杉样本材料群体遗传结构分析。观测等位基因数、期望等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、Nei’s多样性指数、香浓指数、多态性信息含量范围分别为:2、1.5636～1.6538、0.2391～0.4074、0.3315～0.3756、0.3414～0.4133、0.5019～0.5557、0.2672～0.2983;都高于红豆杉属（Taxus）植物的2、0.3015、0.2320、0.3015、0.3043、0.4657、0.2460。表明东北红豆杉个体遗传多样性高于红豆杉属种群水平。3.对61份东北红豆杉材料遗传多样性分析和PCA分析,绘制系统发育树,将61份样品分成2组,与交叉验证后的K值为2和主成分坐标分析结果一致。4.形态变异分析研究得出12份东北红豆杉材料主要来源于野生东北红豆杉、日本红豆杉和韩杉。对叶片分析结果显示,叶片颜色由深至浅依次为日本红豆杉,韩杉,野生东北红豆杉;叶片长度依次为野生东北红豆杉,韩杉,日本杉;分枝强度依次为日本杉,韩杉,东北杉。三大品系中都存在叶片颜色突变体-黄金杉。对果实分析结果显示,野生东北红豆杉果实最大,其次为韩杉,最小是日本红豆杉;日本红豆杉果实密度最大,其次是韩杉,东北红豆杉果实密度最小。初步分析,果实大小与果实密度呈负相关。东北红豆杉的果实颜色多为鲜红色,但调查中发现在韩杉系列中出现果实颜色变异为金黄色的个体,称为黄果红豆杉;东北红豆杉种子深陷假种皮内,日本红豆杉多数露出假种皮,但非稳定特征。