草鱼(Ctenopharyngodon idella)，隶属于鲤形目（Cypriniformes），鲤科（Cyprinidae），雅罗鱼亚科（Leuciscus），草鱼属（Grass carp）。具有生长快，肉质鲜美，养殖成本低等优点，是我国淡水渔业中最重要的养殖品种之一。但是，草鱼目前还没有遗传改良品种。利用DNA遗传标记进行辅助选育已成为动物育种过程中的重要方法。通过传统选育与分子选育相结合的方法，选育开发草鱼基础种群，以此大大缩短良种选育周期，促进中国草鱼养殖业的健康发展。本研究在草鱼EST-SNPs数据文库中选取醛缩酶B和羧肽酶A1基因序列片段上预计存在的SNP位点进行验证并分析，将所获得的SNP位点的不同基因型与草鱼的生长性状进行关联分析。同时将在EST库中筛到的其他7个SNP位点用于对我国的六个草鱼群体（湖南宁乡群体、湖南沅江群体、湖北监利群体、湖北石首群体、广东南庄群体和湖北洪湖群体）的遗传结构进行分析。具体研究内容如下：1.醛缩酶B基因和羧肽酶A1基因的SNP多态性及其与生长性状的关联分析根据草鱼EST库的醛缩酶B基因和羧肽酶A1基因重叠群的Contig设计引物扩增这两个基因的序列片段，采用直接测序法和序列比对，在醛缩酶B基因上共筛到3个颠换SNP位点：C+687G，C+1042A，A117C。在羧肽酶A1基因上共筛到2个颠换SNP位点：C+412A和A36C。采用SnaPshot的方法分别对同一群体的296尾草鱼的这5个位点进行检测和分型，统计基因型频率。利用一般线性模型分析5个SNPs位点与草鱼体质量、体长等重要生长性状的关系。关联分析结果显示：在醛缩酶B基因上，A117C和C+1042A两个位点都和体质量等重要生长性状显著相关（P<0.05），C+687G位点不同基因型和体质量等重要生长性状不相关。将3个SNPs位点不同基因型两两位点组成3个组合的双倍型：C+687G和A117C以及C+687G和C+1042A的2个组合分别组成的7种双倍型在体质量等5个生长性状上都存在显著差异（P<0.05）；A117C和C+1042A组成的3种双倍型在体质量、眼间距这2个生长性状上都存在显著差异（P<0.05）。在羧肽酶A1基因上，A36C位点的不同基因型和体质量、眼间距等生长性状显著相关（P<0.05）。C+412A位点在体质量等生长性状上差异不显著(P>0.05)，该位点和生长不相关。两个位点共组成了D3、D5、D6、D7和D8五种双倍型。其中，D3和D5在质量上存在显著差异(P<0.05)；双倍型D3和D8在体质量、体宽、体长和体长/头长等生长性状上都存在显著差异(P<0.05)。2、利用7个SNP位点对不同群体的遗传结构分析通过草鱼的EST-SNP数据库设计引物扩增醛缩酶B、胰弹性蛋白酶和胰凝乳蛋白酶3个预计存在的SNP位点基因部分序列，采用直接测序和序列比对共获得7个SNP位点，分别命名为：A2259G、C+468T、A+567T、A60G、G+641C、T+507G和C+513T。采用SnaPshot的方法对这7个位点在292尾养殖草鱼中进行分型，统计基因型和频率。并用所检测到的这7个SNP位点对我国的六个草鱼群体（湖南宁乡群体、湖南沅江群体、湖北监利群体、湖北石首群体、广东南庄群体和湖北洪湖群体）的遗传结构进行分析。结果显示：六个草鱼群体的平均多态信息含量（PIC）的范围在0.2046~0.3120之间，平均观测杂合度为（Ho）0.2743~0.3207，平均期望杂合度为（He）1.5332~1.6835，表明草鱼群体的遗传多样性偏低。其中，南庄群体的遗传多样性最高，沅江群体的遗传多样性最低。对这6个群体多态性的F-检验的结果也表明，草鱼群体间的遗传分化程度低；Hardy-Weinberg平衡的卡方检验结果表明，6个群体均在一定程度上偏离了平衡。这个结果为我们以后挑选良种育种，奠定了基础。我们在选取不同地域草鱼群体进行良种选择的时候，可以尽量选取南庄群体等遗传多样性高的群体，避免选择沅江等遗传多样性低的群体，以此缩短草鱼育种进程。