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肌内脂肪（intramuscular fat，IMF）是影响肉质的一个重要指标，其含量与肉的风味、嫩度等优良肉质性状呈正相关。由于IMF含量在活体和早期难以测定，常规育种较难进行。目前，人们从营养和遗传角度对猪IMF沉积进行了大量研究，但营养调控只能改善IMF的沉积，影响IMF沉积的主效基因又尚未确定。因此，为筛选影响猪IMF沉积的相关基因，以进一步揭示IMF沉积的分子机理，本研究以IMF含量丰富的莱芜猪和IMF贫乏的大白猪为研究材料，运用抑制性消减杂交（suppressionsubtractive hybridization，SSH）技术构建高、低IMF莱芜猪和莱芜猪与大白猪的正反抑制性消减杂交文库，筛查和鉴别差异表达基因，并对其中的部分基因进行real-timePCR验证；另外，在候选基因的研究上，我们对猪NDUFS4基因进行了克隆和表达分析。主要结果如下：一、应用SSH技术构建了高IMF莱芜猪与低IMF莱芜猪正反消减杂交文库。正反向文库扩增后分别得到631和486个阳性克隆，PCR鉴定结果表明插入片段主要分布在0.1-1.0kb之间。使用反Northen斑点杂交技术对以高IMF莱芜猪为Tester，低IMF莱芜猪为Driver的正向文库进行筛选，得到97个阳性差异克隆，进行测序、聚类拼接后得到35条单一ESTs序列。将这些序列在NCBI中进行BLAST比对分析，发现其中有17条ESTs与已知功能基因高度同源，3条ESTs在猪上有预测序列，15条ESTs序列与未知功能的cDNA片段高度同源。二、应用SSH技术构建了莱芜猪与大白猪正反抑制性消减杂交文库。正反向文库扩增后分别得到1039和856个阳性克隆，PCR鉴定结果表明插入片段主要分布在0.1-2kb之间。使用反Northen斑点杂交技术对正反向文库进行筛选，以莱芜猪为Tester，大白猪为Driver的正向文库中获得154个阳性差异克隆，以大白猪为Tester，莱芜猪为Driver的反向文库中获得93个阳性克隆。进行测序、聚类拼接后，正向文库得到83条单一的ESTs序列，反向文库获得55条单一ESTs。在NCBI中进行BLAST比对分析后发现，正向文库中有33条ESTs与已知功能基因高度同源，15条ESTs在猪上有预测序列，25条ESTs序列与未知功能的cDNA片段高度同源，另有10条ESTs未找到明显的同源序列；反向文库中有21条ESTs与已知功能基因高度同源，8条ESTs在猪上有预测序列，18条ESTs序列与未知功能的cDNA片段高度同源，另有8条ESTs未找到明显的同源序列。三、对与已知功能基因以及有预测序列的基因进行在线分类分析，发现这些基因参与了多种生物学过程；对其中的部分基因或ESTs进行了real-time PCR的验证，有13个基因或EST与文库筛选结果一致，其中上调基因11个，分别是：SERF2、ATP6、NDUFS4、SERPINF1、h142（EST）、ACSL1、ADFP、ACADM、HNRNPA2B1、PDK4、P311基因，下调基因2个，分别是：AMPD1和PGK1基因。四、通过RT-PCR及RACE技术，我们得到了猪NDUFS4基因完整的cDNA序列。猪NDUFS4基因编码区核苷酸序列与人、小鼠、牛、大鼠的同源性分别为：92.99%、87.31%、93.56%、86.55%。猪NDUFS4基因氨基酸序列与牛的同源性最高为92.57%，与人、小鼠、大鼠的同源性分别为90.29%、88.57%、86.29%。对猪NDUFS4基因的在11种组织中的表达谱分析发现，该基因在检测组织中呈特异性表达，在背最长肌、脾脏、肾脏中高表达，肝脏、背膘、脑、脊髓中中度表达，心脏中低表达，肺、胃和大肠中几乎不表达。试验还对莱芜猪、大白猪背最长肌组织中NDUFS4基因mRNA的表达情况进行了real-time PCR的分析，结果表明莱芜猪中NDUFS4基因的mRNA表达量显著高于大白猪。综上所述，本研究对莱芜猪IMF沉积的机理进行了探讨，构建了高、低IMF莱芜猪和莱芜猪、大白猪抑制性消减杂交文库，经过筛选获得了一些在猪背最长肌中表达，并与IMF沉积有关的差异基因。另外首次克隆了猪NDUFS4基因并对其组织表达进行了分析，证明了NDUFS4基因分别在高、低IMF含量莱芜猪和莱芜猪、大白猪中的mRNA表达水平存在差异。所得研究结果为进一步揭示猪背最长肌中IMF沉积与遗传机理奠定了重要的分子基础。