国家工程技术研究中心是我国为推动行业发展,促进科技成果向生产力转化的“产、学、研”平台,是国家科研基地的重要组成部分,是国家向科技强国转型的核心力量。对国家工程技术研究中心进行技术创新绩效评价能够较明确的表明我国科研基地目前的科技创新能力,同时也为国家工程技术研究中心的后续发展提供方向。本文运用DEA-Malmquist指数模型对2011-2015年我国国家工程技术研究中心所在的13个领域的技术创新绩效进行纵向评价分析。实证结果表明我国国家工程技术研究中心整体行业技术创新绩效有小幅增加,技术效率低是造成技术创新绩效增长缓慢的重要原因,且行业间技术创新能力水平存在较大差异。运用基于投入导向的BCC模型对我国国家工程技术研究中心所在的29个省市的技术创新绩效进行横向评价。实证结果显示我国不同区域间工程研究中心的技术创新绩效水平较为不均衡,中西部等经济欠发达省份的技术创新水平普遍较低,需在提高技术创新能力的同时,加大创新规模投入。最后,结合实证分析结果总结了阻碍我国国家工程技术研究中心技术创新绩效水平提高的主要因素,并在此基础上提出了几点改进建议。