菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum）具有生长快、分布广、适应性强等特点,是我国重要的海洋经济贝类。我国是世界养殖菲律宾蛤仔规模最大的国家,其中山东省是我国菲律宾蛤仔养殖的主要省份之一[1],山东半岛菲律宾蛤仔重要产区分布于胶州湾、莱州湾和桑沟湾海域。壳性状与重量性状息息相关,经常作为衡量菲律宾蛤仔经济价值的指标,但是关于这三个海区菲律宾蛤仔的壳型比较、壳性状差异以及蛤仔的壳型形成机制却未见报道,本研究以山东半岛胶州湾红岛海域（HD）、莱州湾龙威海域（LW）、桑沟湾楮岛海域（CD）三个群体的菲律宾蛤仔为研究对象,分析了三个群体的壳性状和重量性状的差异,并从环境原因和遗传因素两个角度分析壳性状差异的原因,具体结果如下:1.三个地理群体菲律宾蛤仔的壳性状和重量性状差异分析采用几何形态测量学等方法,测定了菲律宾蛤仔壳长、壳高、壳宽、贝壳厚度以及活体湿重、软体湿重等参数,比较分析了三个地理群体壳性状和重量形状的差异。结果表明,HD群体与其它两个群体形态差异较大,而LW群体和CD群体形态较为接近;LW群体的蛤仔壳型最圆,凸度指数（壳宽/壳高,SW/SH）最高,HD群体壳型最扁,伸长指数（壳高/壳长,SH/SL）最高;HD群体壳最薄,LW群体壳最厚;容量指数（壳宽/壳长,SW/SL）差异不显著。活体湿重与壳宽（r=0.858）的相关性最高,壳高（r=0.789）次之;而软体湿重与壳长（r=0.436）相关性最高,其次为壳高（r=0.435）。2.养殖环境对菲律宾蛤仔壳性状的影响将三个地理群体的菲律宾蛤仔移殖到同一海区养殖6个月,三个群体的贝壳厚度逐渐趋于一致,典范对应分析（PCA）表明,三个群体蛤仔的壳形态发生了显著变化,由养殖初期相互独立分布,到养殖后期分布范围重合,甚至难以区分;但三个地理群体壳型指数变化不显著,壳型指数（容量指数、伸长指数、凸度指数）几乎不变或变化幅度很小。易地养殖初期重量性状与贝壳厚度相关性最高,养殖后期与壳长相关性最高。结果表明贝壳厚度受环境影响较大,而壳型指数几乎不受环境变化的影响。3.易地养殖前后三个地理群体外套膜组织转录组分析对三个菲律宾蛤仔群体易地养殖前后的外套膜组织进行转录组测序,共获得811509760条原始序列,对原始测序数据过滤后,共获得118.58 Gb Clean Data,Q30碱基百分比在92%以上,转录组测序数据质量良好。将组装后的230267个unigene与六大数据库（NR,Swiss-Prot,Pfam,COG,GO和KEGG数据库）进行比对,注释率为24.01%。对三个群体的差异表达基因进行统计,三个群体下调基因数目为:CD群体3010个,LW群体4222个,HD群体769个;上调基因数目分别为CD群体1466个,LW群体2262个,HD群体579个。三个群体在易地养殖以后,下调基因均多于上调基因。通过GO和KEGG功能富集,筛选出9个目的基因,推测壳基质蛋白可能对壳型的调控起到一定的作用,矿化基因可能在分子水平调控凸度指数（壳宽/壳高,SW/SH）的大小。推测菲律宾蛤仔中VWA结构也对壳的形成有抑制作用。本研究结果初步揭示了菲律宾蛤仔壳性状变化受环境和基因共同作用,在不同地理环境中生长的菲律宾蛤仔,影响重量性状的壳性状也不同。研究结果可为菲律宾蛤仔贝类壳性状变化及其影响因素、贝壳形成相关功能基因的深度挖掘、种质资源保护、优良品种选育和贝类的碳汇功能等研究提供理论参考。