本文采用纯培养方法,结合样品所在地环境生态特征,设计不同分离培养基,建立适合河南云台山、云南腾冲和越南下龙湾地区三个地区原核微生物纯培养分离技术,并对这三个地区的原核微生物的群落多样性进行了研究。本研究设计了10种分离培养基,从上述三个地区土壤中分离到了大量细菌和放线菌,并将之分离、纯化与保藏。将分离纯化的细菌和放线菌进行16S rRNA基因扩增并测序,通过序列比对、系统发育分析等手段对分离到的原核微生物进行多样性分析,探讨三个地区微生物多样性分布特点,确定候选新属与新种,并比较分析三个地区原核微生物群落组成特点及物种相似性。从云台山地区土壤样品中共分离和保存了258株纯培养物,其中84株已经测序,通过序列比对显示这些菌株分布于6个目,12个科,17个属中,并分离到1个潜在新种。此次共分离到芽孢杆菌34株,与芽孢菌属(Bacillus)的9个种有最近的系统发育关系,占该地区已测序菌株的41.46%；其次是节杆菌,共17株,与节杆菌属(Arthrobacter)的8个种有最近的系统发育关系,占该地区已测序菌株的20.73%。此地区原核微生物多样性指数分别为：Shannon-Wienner多样性指数H’=4.664; Simpson指数D=0.914；Margalef物种丰富度指数dMa=9.705; Shannon物种均匀度指数E=1.232。腾冲地区分离的280株纯培养物中已测序151株,序列比对显示这些菌株分布于8个目,21个科,32个属中,并且有2个候选新属和4个候选新种。此次共分离到链霉菌31株,与链霉菌属的12个种有最近的系统发育关系,占该地区已测序菌株的20.53%;其次是芽孢杆菌,共分离到22株,与芽孢杆菌属的5个种有最近的系统发育关系,占该地区已测序菌株的14.57%。此地区原核微生物多样性指数分别为：Shannon-Wienner多样性指数H’=5.678；Simpson指数D=0.971；Margalef物种丰富度指数dMa=14.55; Shannon物种均匀度指数E=1.320。在下龙湾地区共分离和保存499株菌株,其中的266株已经测序,序列比对显示这些菌株分布于12个目,29个科,54个属,并分离到5个候选新种,1个候选新属。此次共分离到芽孢杆菌25株,与芽孢菌属(Bacillus)的14个种有最近的系统发育关系,占该地区已测序菌株的9.4%；其次是链霉菌,共19株,与链霉菌属(Streptomyces)的13个种有最近的系统发育关系,占该地区已测序菌株的7.14%。此地区原核微生物多样性指数分别为：Shannon-Wienner多样性指数H’=6.970; Simpson指数D=0.987;Margalef物种丰富度指数dMa=27.40; Shannon物种均匀度指数E=1.384。以上结果表明,在下龙湾地区存在着丰富多样的原核微生物,而云台山地区原核微生物的物种较为单一。通过计算这三个地区两两之间的Jaccard相似性指数可以看出,云台山地区和下龙湾地区之间原核微生物物种相似性为3.12%,云台山地区和腾冲地区之间为4.42%,而下龙湾地区和腾冲地区之间也只有5.56%,三个地区之间原核微生物群落组成差异较大,物种相似性较低。