经过二十年的发展,我国股票市场上市公司的数量已经超过1500家,由于我国的国情,在这1500家公司中有很大一部分是由国有企业改制而成,此外,我国上市公司中存在关联交易公司的比例也较高。国有和民营、存在关联交易和不存在关联交易的公司究竟哪一类公司价值更高?对这些问题的回答直接关系投资者在进行投资决策时的判断,也会对市场监督者在进行实际监督时提供理论依据。本文采用数理统计和计量分析法,利用Wind资讯以及上市公司年报中的数据对这些问题展开重点研究。本文首先阐述了国有机制和关联交易对公司价值的影响的理论基础、其次分别采取描述性统计、数理统计分析以及计量分析等方法,利用Wind资讯中2009年沪深上市公司的样本数据,对国有机制以及关联交易对公司价值的影响进行深入系统性的研究,实证检验了国有机制和关联交易对公司价值的影响。本文的研究发现：无论是使用数理统计分析还是计量分析,在剔除了行业因素对公司价值的影响之后,国有机制和关联交易对公司价值均具有显著的负面影响,说明国有上市公司中存在的管理层与股东之间的代理成本确实会影响公司价值,上市公司控股股东与上市公司进行关联交易的目的主要不是为了节约交易成本而是一种侵占中小股东利益的渠道。本文还研究了在国有控股公司中引入管理层激励机制,以及在日常关联交易同时伴有重大关联交易对公司价值的影响。结果显示,管理层激励机制的引入能显著地提高国有控股上市公司的公司价值,同时存在重大关联交易和日常关联交易的上市公司对公司价值也会造成显著的负面影响。进一步证实了国有机制和关联交易中存在的代理成本对公司价值的损害效应。