十八届三中全会以来,创新驱动发展上升为国家战略。为贯彻落实创新驱动发展战略,加快建成西部创新中心,重庆市先后制定了《重庆市深入实施创新驱动发展战略工作方案的通知》和《关于深化改革扩大开放加快实施创新驱动发展战略的意见》等文件,实施以大数据智能化为主的创新驱动发展战略计划,构建新能源汽车、高端装备和生物医药等新兴产业集群,建立以企业为主体、市场为导向、产学研深度融合的技术创新体系,重庆市高新技术产业创新的相关研究具有较大的实际价值。首先对重庆市高新技术产业的状况进行总结,在分析重庆市高新技术产业创新资源投入产出的基础上,围绕以下两个方面进行展开:(1)基于重庆市十大高新技术领域数据,采用DEA与DEA-COST方法测算各行业的创新效率并进行对比分析。(2)基于典型相关分析方法分析,研究资金结构、技术来源、教育水平、对外贸易与高新技术产业创新效率的内在联系,比较因素重要性大小并做出相关解释和分析,得出相关对策建议。研究发现:(1)重庆市高新技术产业创新投入面临科研经费投入强度不足,中低端人才过剩,高端人才不足的困境。各行业专利质量有待改善,专利转让及许可市场不稳定。新产品、相关专利及技术标准等出口情况有待改善。技术成交市场规模小、不稳定等问题。(2)高新技术产业创新受规模效率波动的影响较大,纯技术效率稳步上升,规模效率是效率值整体偏低的重要原因,企业创新要素的集聚效应与结构红利并没有显现。创新效率的行业分布特征明显,宜根据各领域的效率情况采取不同的政策来提高效率。(3)研发资金结构、技术来源、对外贸易以及教育程度等因素与对高新技术产业创新效率具有显著相关性,合理适当的产业政策能够促进产业创新效率与竞争力的提高,推动产业发展。(4)相对于企业资金与自主创新而言,政府资金与非自主创新更利于提高创新资源配置效率,对纯技术效率有一定抑制作用,存在技术“逆向扩散”现象。相对于其他因素而言,自主创新、教育程度和对外贸易能在一定程度上促进规模效率和纯技术效率的提升,但配置效率会有所下降,最后给出相应对策建议。