新型冠状病毒肺炎（以下简称“新冠肺炎”）疫情的突然袭来,冲击了人们的正常生活秩序。由于我国人口众多,防疫压力较大,为了保障防疫秩序和公民身体健康,防疫任务需要层层分配到基层,各地也出台了多种防疫措施。但在防疫过程中,由于公民的道德素质不一或一线防疫人员执法不规范等,难免会有公民与防疫者冲突的现象存在,且此种现象不在少数。因此,司法实务精准认定突发公共疫情防控中的妨害公务案件,对于有效化解由防疫执法活动带来的社会矛盾、恢复防疫秩序至关重要。本文共分为四个部分。第一部分导言,介绍了本文的研究背景、研究方向和研究价值。第二部分以疫情期间发生的106起实务案件作为研究对象,分析了突发公共疫情防控中妨害公务案件的司法现状。第三部分结合司法实务案例总结出涉疫妨害公务案件在司法适用中存在的四个问题,即侵犯对象的范围存在争议,“暴力、威胁”行为认定不一,行政处罚与刑罚适用衔接不到位以及对刑事政策的理解和适用存在偏差。第四部分结合学界相关理论观点为司法实务解决这些问题提出了完善建议,具体包括:合理界定疫情防控时期侵犯对象的范围,在厘清新形势下“公务”内涵的基础之上,明确防疫时期“三类人员”范围扩展的边界;明确法益指导下“暴力、威胁”行为的内容和程度,为厘清行政处罚和刑罚的界限提供前提条件;明晰行政处罚与刑罚适用的界限,合理选择涉疫妨害公务行为的处罚方式,以实现行政处罚和刑罚适用的良性互动;从利益冲突的角度分析了防疫时期刑事政策的现实依据,并对合理适用疫情防控期间的刑事政策进行了分析,以匡正司法适用的误区。