市场化经济的发展、政府职能的转变及民主意识的觉醒，加之政策指引促使我国事业单位进一步推进事业单位分类改革，走出一条科学化、现代化、信息化的管理道路。其中，科研事业单位作为事业单位的重要组成部分，一方面具有事业单位的一般属性，另一方面，也具有引领先进科研成果的特殊性。因而，科研事业单位的绩效考核不单单要符合其特殊的需求，尤其需要关注对知识型员工及其团队的管理，可见，科研事业单位的绩效考核成为不可小觑的重要环节。绩效管理是管理者与员工进行持续的双向沟通的过程，对目标的达成以及如何实现进行调整以达成共识，而绩效考核恰恰是这其中最为关键的核心步骤，不管是从组织角度还是从员工个人出发，绩效考核都关系着组织与员工的切身利益，所以说，突出科研事业单位绩效考核的积极正向的作用，建立科学的、合理的绩效考核机制，将绩效考核的重视程度提升到战略层面，有利于科研事业单位的健康发展，这不仅具有很强的理论意义，更具有很大价值的现实意义。然而，当前我国科研事业单位普遍陷入绩效考核的困境，尤其是如何通过绩效考核机制的设计以实现对高层次研发人才、研发团队的有效而持续的激励，将绩效考核和薪酬激励进行合理的融合，仍然在不断的探索中。基于科研事业单位一直以来存在体制落后、效率低下等问题，因而引进现代人力资源管理理念，注重绩效考核，完善绩效管理，是当前科研事业单位紧急而迫切的主要任务。知识型员工作为科研事业单位的骨干力量，其绩效考核工作的开展具有十分特殊的重要意义。目前，我国科研单位的绩效考核工作依然处于探索的初级阶段，本文从理论阐述切入，对绩效考核的相关理论进行综述，然后运用归纳法，对国内外绩效考核现状及研究成果进行梳理，并且归纳出科研事业单位绩效考核表现出的主要问题，最后运用案例进行实证研究，通过以航天A院这一实际案例为原型，深入挖掘科研事业单位绩效考核存在的普遍性问题，并找出问题背后的症结，针对问题深层次的原因而对症下药，通过借鉴国内外先进的绩效考核方法以及考核理念，结合我国科研事业单位的实际情况，有针对性地提出合理的绩效考核设计方案，希望通过实际案例研究及考核方案优化设计，对促进科研型事业单位全面发展，特别是绩效考核工作的优化和量化，具有一定实际价值。