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本研究以河南省鲈形目Perciformes鱼类中乌鳢(Channa argus)、鳜鱼(Siniperca chuatsi)和斑鳜(Siniperca scherzeri)的自然居群为研究对象,利用ISSR分子标记技术对其遗传多样性和遗传结构进行分析,旨在为河南省鲈形目鱼类种质资源评价、保护、遗传育种和可持续利用提供理论依据。主要结果如下:(1)利用正交设计试验方法,建立3种鱼的ISSR-PCR最佳反应体系。其中乌鳢的最佳反应体系:25μl反应体系中含60ng模板DNA,2.5mmol/L Mg2+,0.3μmol/L引物,0.2mmol/L dNTPs,0.5U Taq DNA聚合酶;鳜鱼和斑鳜的最佳反应体系:25μl反应体系中含80 ng模板DNA,2mmol/L Mg2+,0.4μmol/L引物,0.2mmol/L dNTPs,0.75U Taq DNA聚合酶。在此基础上确立了乌鳢、鳜鱼和斑鳜的ISSR-PCR的最佳扩增条件。(2)筛选出15个ISSR引物对丹江口水库、淇河和南湾水库3个乌鳢自然居群的基因组DNA进行ISSR-PCR扩增,共检测到141个位点,多态位点53个,多态性比例为37.59%;利用POPGENE软件分析其遗传多样性指标,其多态位点比例(PPB)分别为19.86%、25.53%和29.79%,观测等位基因数(Na)分别为1.1986、1.2553和1.2979,有效等位基因数(Ne)分别为1.1239、1.1745和1.1976,Nei’s基因多样度(h)分别为0.0712、0.0976和0.1123,Shannon’s信息指数(I)分别为0.1057、0.1428和0.1653,平均遗传距离(D)分别为0.0628、0.0800和0.1016。上述结果表明,河南省乌鳢居群的遗传多样性保持在一定水平,3居群的遗传多样性水平依次为南湾水库居群>淇河居群>丹江口水库居群。基于Shannon’s信息指数分析乌鳢居群的变异来源,23.14%存在于居群间,76.86%变异来源于居群内;基于Nei’s基因多样性数据计算的居群间遗传分化系数Gst为0.1984,居群间基因流Nm为2.0199,基因流水平较高。说明乌鳢居群间在自然选择的作用下发生了较大的遗传分化,其遗传分化主要来自于居群内。(3)用15个ISSR引物对南湾水库和丹江口水库2个鳜鱼自然居群的基因组DNA进行ISSR-PCR扩增,共检测到148个位点,多态位点79个,多态性比例为53.38%;2个鳜鱼居群内的PPB值分别为28.38%和27.70%,Na值分别为1.2838和1.2770,Ne值分别为1.2022和1.1507,h值分别为0.0896和0.1115,I值分别为0.1358和0.1615,平均D值分别为0.0818和0.0996。综合分析上述结果表明,河南省鳜鱼总居群的遗传多样性较为丰富,居群内的遗传多样性丰度也保持在较高水平,但低于总居群水平,2居群的遗传多样性水平差别不大。利用Shannon’s信息指数分析居群的变异来源:47.09%存在于居群间,居群内的遗传变异占52.91%,说明鳜鱼遗传分化在居群间和居群内基本一致,都存在较大的遗传分化。居群间遗传分化系数高,Gst为0.5096,基因流低,Nm为0.4812,说明居群间已发生强烈的遗传分化。(4)用15个ISSR引物对南湾水库、淇河和盘石头水库3个斑鳜自然居群的基因组DNA进行ISSR-PCR扩增,检测到位点147个,多态性比例为56.85%;利用POPGENE软件分析3个斑鳜居群内的PPB值分别为44.22%、19.05%和28.57%,Na值分别为1.4422、1.1905和1.2857,Ne值分别为1.2970、1.1282和1.1862,h值分别为0.1681、0.0732和0.1049,I值分别为0.2473、0.1074和0.1544,平均D值分别为0.1848、0.0722和0.0898。综合上述指标数据说明,河南省斑鳜总居群的遗传多样性丰度较大,3居群的遗传多样性丰度也保持在较高水平,3居群的遗传多样性水平依次为南湾水库居群>盘石头水库居群>淇河居群。分析斑鳜居群的变异来源:39.56%存在于居群间,60.44%存在于居群内,说明斑鳜3个居群的遗传分化主要来自于居群内;基于Nei’s基因多样性计算斑鳜居群间的遗传分化系数较高,Gst为0.4161,基因流较低,Nm为0.7016,说明居群间已经发生了明显的遗传分化。