科学技术是推动经济增长和社会发展的重要动力，是促进产业结构优化升级的力量源泉。目前，从国际环境看，由于受金融危机的影响，世界经济增速变缓，全球需求结构明显向市场、资源、技术等方面倾斜。发达国家纷纷加大科技投入，着力推进和培育新的经济增长点、抢占国际经济的科技制高点。从国内看，我国十七大再次强调了对科技进步和自主创新的高度重视，明确指出要把“提高自主创新能力，建设创新型国家”摆在突出位置。上海市作为全国经济实力雄厚和科技先进地区之一，其科技发展水平代表着我国最先进的科技水平和发展方向。同时，上海市科技的发展对国内其他地区有着积极的带动作用。因此，对上海市财政科技支出政策效应的研究有举足轻重的作用。本文结合公共财政理论、财政预算管理理论、经济增长理论和效应理论等，梳理了国内外财政科技支出相关概述。通过对上海市财政科技支出规模分析和结构分析，运用基于Malmquist指数的动态效率测度模型的DEA分析方法，建立财政科技支出效率评价指标体系，对四直辖市财政科技投入产出进行了效率评估。最后对比财政科技政策实施前后在促进生产率提高、技术进步等方面的情况，得出上海市财政科技支出使得技术效率不断进步，促进了生产率提高和经济增长，促进了上海市产业结构升级。同时，实证结果还表明，上海市财政科技支出科技管理效率不高，需不断提高政府科技管理效率的结论。最后，本文提出上海市财政科技支出应建立稳定的科技投入机制、完善管理体制和提高科技政策效应的对策建议。