本研究利用小椒×大椒构建的F2作图群体，分析了心室数（nv）、可食率（er）、果长（fl）、果形（fs）、果实厚（pth）、果肩性状（fss）、果尖形状（fps）、果柄长（pedl）、果实横切面（ft）和果柄横径（pedw）、胎座重（plw）、果形指数（fsi）、果肉重（mw）、果宽（fw）、果皮（pty）和单果重（wf）等农艺性状的相关性，利用SRAP和SSR分子标记构建了遗传图谱，并对这些性状进行了QTL定位。研究结果如下：1）F2代群体性状相关性的分析结果表明：除果形指数、果皮和果尖形状以外，其他性状均与单果重呈极显著相关，相关系数R为0.12～0.99；与果形呈极显著相关的性状包括心室数、胎座重、可食率、果实横切面、果肉重、果皮、果宽、果肩性状、果尖性状和单果重等，相关系数R为0.38～0.66；可食率和其他性状均呈极显著相关，相关系数R为0.36～0.75；果实相关性状之间呈极显著相关且相关系数大于0.50的占51.28%。2）以辣椒小椒和大椒构建的102个F2单株为作图群体，利用筛选出的81个分子标记，构建了一张辣椒遗传图谱，标记间的最小遗传距离是1.0cM，最大遗传距离是38.2cM，总长1340.5cM。3）共检测到183个个果实性状相关的QTLs，其中贡献率超过0.1%的有138个，这些QTL分布在C1、C2、C3、C4、C6、C7、C8和C9连锁群中，与单果重相关的有18个，其中贡献率较大的有13个；另外还在C1、C2、C4、C6、C7和C9连锁群上发现12个QTL富集区，表型变异解释率为0.10～93.16%。本研究为后续的辣椒分子标记辅助育种及果实性状的遗传解析奠定了一定的基础。