自然资源作为基础性物质资源,为人类进化和社会进步发挥了不可替代的作用。随着人类的发展,自然资源多体现的价值日趋多样化和差异化,不同的价值需求要求我们用动态的、发展的宏观视角对自然资源的配置效率进行研究。文章参考大量的国内外文献,分析主流经济学理论中资源配置理论,阐述了市场失灵和帕累托最优的效率标准及实现条件,进而加入生态经济学的影响因素,包括经济系统的边界和人的价值需求,对帕累托最优效率进行拓展,得出自然资源配置效率的阶段特征和基本规律。以此为理论依据,对自然资源配置效率评价进行要素选择,构建评价自然资源配置效率的指标体系,根据我国自然资源分布特点,采用DEA方法和Malmquist指数模型对2005-2013年我国各省市自然资源配置效率作出测算和分析,接着对造成自然资源配置效率低的深层次原因进行分析,测算出各省市的自然资源投入和产出的冗余和不足,并提出相应的调整目标值,为各省市提高自然资源的配置效率提供科学依据和参考。实证研究表明,我国自然资源配置的整体效率比较低,并且各省市之间相对效率有明显的差距;没有相应的开采和利用的科学技术做支撑,追求经济规模的扩张并不能提高自然资源的配置效率,反而会造成资源的浪费。针对自然资源配置效率低下的问题,提出政策和建议:从开放经济条件下各个国家省市地域应该"加强协助、创新科技和合理产业"使区域发展更"科学、高效和文明";从封闭经济条件下整个地球生态经济体应该"控制经济规模、科学配置资源和营造环保氛围"来实现人与自然的和谐发展。