格非以精英立场写作，知识分子是他小说中出现频率最密集、样态最丰富、涵义最宏广的一类人物。在形式实验、先锋转向及至后先锋时期，他始终在向“真正的知识分子写作”靠拢，因为他认为作家应该不断反思眼前绝望的生活，文学需要给人类焦灼的心灵提供希望和价值依据。这也是格非30余年创作轨迹的“变中之未变”。若以精神救赎方式的不同为依准，格非在不同创作期所塑造的知识分子可分为四种类型:心理病变的疯子、灵魂污浊的伪君子、以死抗争的殉道士和回归真我的“失败者”。他们共同组成一个具有深层结构寓意的知识分子谱系。通过审视格非主体性倾向的变化可以找到这一谱系的寓意。
　　本论文分为绪论、本论第一至第四章和结语三部分。第一至四章每章分析一类知识分子。每章第一节为本体论分析，回答“什么是”的问题，对该类型特性试图界定;每章第二节为认识论分析，回答“如何是、为何是”的问题，剖析该类型思想行为的深层动因;每章第三节是谱系划分依据，即该类型采取的超越精神困境的方式。每章末分别设有小结，以点明作者对该类型知识分子的态度。结语部分阐说知识分子谱系的结构寓意，发覆格非通过此谱系所要追求的价值体系。
　　绪论部分叙说格非小说知识分子谱系提出的背景，以及知识分子谱系提出的原则，即不同知识分子对各自精神困境采取的超越方式。绪论还将介绍此课题的国内外研究情况，和本论文的研究难点、创新点与研究方法。第一章解析疯子谱系，对“疯”的心理界定主要依据精神病征的原则，认为疯子是心理病人而非于世不容的“先驱”。对乡土文化和都市人性这两类致疯的外部因素进行阐析，并指出疯子对逼迫的反抗方式:自毁。作者对疯子持既同情又不赞许的态度。第二章分析时代重压下抗拒现实的殉道士。将殉道士分为绝望的“阴性”和舍命死义的“阳性”两类，指出他们对困境共同的超越方式为求死。作者对殉道士持敬佩但不鼓励的态度。第三章分析虚伪的伪君子。首先解释伪君子出现的背景——功利社会，为何是正直知识分子的“阴暗时代”，继而以“权、钱、名、色”四种欲望为镜像分析伪君子丑恶的灵魂世界。作者对伪君子持批判讽刺之态度。第四章阐释最复杂的“失败者”。“失败者”的理想主义与普遍功利的现实构成绝对冲突，因此他们那“孤郁伤怀”的精神属性就格外显著。本章通过分析他们个性中的不事虚矫与充满矛盾的“羞感”心理，来说明其内在心灵的复杂性。当“失败者”历经理想的挫败并看清欲望反噬的结果之后返璞归真，在后乌托邦时代以坚守自我精神世界的方式放弃现实对抗，超越欲望和理想的二重困境，最终返归本真的存在状态，成为求真向善和审美的诗意之人，这是新世纪以来格非面对绝望现实所重构的“乌托邦”，也是他为生活指出的意义之途。结语将阐明知识分子谱系结构的深层寓意，和对知识分子忧患问题的思考中折射出的格非的主体性倾向。结语还指出本论文对格非知识分子书写的局限性揭示不足。谱系未彻底区分开人物特性的交叉重叠性，以致造成本文内容有些许前后勾连的现象。这都有待在今后研究中进一步梳理。